[發明專利]一種牦牛FOXO3基因單核苷酸多態性的檢測方法及試劑盒

有效

• 申請號: 201610004491.6
• 申請日: 2016-01-05
• 公開（公告）號: CN105441569B
• 公開（公告）日: 2018-10-19
• 發明（設計）人: 張全偉;趙興緒;王琪;張勇;馬友記
• 申請（專利權）人: 甘肅農業大學
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858
• 代理公司: 北京科億知識產權代理事務所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

本發明涉及基因多態性檢測技術領域，具體涉及一種牦牛FOXO3基因單核苷酸多態性的檢測方法及其試劑盒，包括以下步驟：步驟一：制備牦牛FOXO3基因擴增產物；步驟二：合成高低溫內標；步驟三：制備HRM?PCR擴增產物；步驟四：收集熒光信號。本發明所設計的基因探針比現有技術中的HRM?PCR法檢測多態性位點定位更加準確、靈敏、且分型準確,不需要PCR后處理，工作效率高、重復性好對樣本的質和量要求不高，同時本發明檢測試劑盒敏感度高，檢測快速，穩定性好，能夠實現高通量檢測，也能夠實現低通量的檢測，靈活性高，對牦牛的遺傳標記育種奠定基礎。

技術領域

本發明涉及基因多態性檢測技術領域，具體涉及一種牦牛FOXO3基因單核苷酸多態性的檢測方法及試劑盒。

背景技術

FOXO3是FOX(forkhead box)蛋白家族的一個重要成員，與細胞轉化、腫瘤的發生發展及其血管生成有關。針對FOXO3基因研究已成為當今研究熱點。對FOXO3基因進行定性分析有助于對FOXO3基因的進一步研究。

單核苷酸多態性(SNP)是基因組中發生頻率最高的變異種類。目前數據庫內的SNP數量已經超過了9000000個，人體的許多表型差異，以及對藥物或疾病的易感性等，都可能與SNP有關。研究SNP可促進人們對基因組結構、基因的進化歷史及疾病發生根源的了解。SNP是種群遺傳分析、疾病發生機理和藥物研發等領域的重要研究對象。目前，針對SNP研究所建立的數據庫和高效、精確、方便操作的工具，對于展現SNP在引領遺傳分析、疾病診治等領域發展方面的重要性具有很高的利用價值。

單核苷酸多態性(singlenucleotidepolymorph－ism，SNP)是指相同或不同物種個體的基因組DNA序列同一位置上的單個核苷酸存在差別的現象。其中多態性(polymorphism)指的是形態多樣性和狀態多樣性，在這里是基因水平上的多態性，指一個基因座位上存在多個等位基因，它是基因組中發生頻率最高的點突變，在已知DNA的多態性中占了大約90％。同時，也發現每1000個堿基中就有一個會發生變異，它在一個種群中的發生率至少在1％水平。因此，具體地說，SNP指的是基因組序列中單核苷酸(A、T、C和G)改變時所發生的DNA序列的多態性變化，即基因組內特定的核苷酸位置上存在2種或更多不同的堿基，其中最少一種在群體中的頻率不低于1％。

多態性(SNP)位點的經典方法是一大類以凝膠電泳為基礎的一系列傳統方法，包括：限制性片段長度多態性法(PCR-RFLP)，此方法應用的前提是SNP位點必須含有限制性內切酶的識別位點，但此方法是SNP位點篩查中最經典的方法之一；單鏈構象多態性法(PCR-SSCP)，該方法簡單快速，被廣泛運用與未知基因突變的檢測，但這種方法對溫度要求嚴格且不能確定突變的類型及突變的具體位置，因而帶有一定的盲目性。變性梯度凝膠電泳(DGGE)，多用于分析自然環境中細菌類和、真核生物和病毒等生物的多樣性。此方法具有可重復和操作簡單等特點，但此法會受到DNA分子互補鏈中氫鍵的含量的影響，因此很少用于SNP位點的檢測分析；等位基因特異性PCR法(ASPCR)。

而現有的一些新型SNPs高通量檢測方法包括：高效液相色譜法(DHPLC)法；基因芯片法及DNA直接測序法。其中DHPLC法檢測效率高便于自動化的優點，且準確率高，但DHPLC對所用試劑和環境要求高，易產生誤差。基因芯片法具有信息量大、自動化程度高的特點，但芯片造價成本昂貴，所需設備貴重，所以不利于普及應用。而DNA直接測序法突變位點檢出率高、速度快，擺脫了傳統的凝膠電泳所對溫度的要求，且對其類型和位置分析準確，帶有目的性，成本相對低，利于廣泛應用于檢測SNP位點。