[發(fā)明專利]豬9號染色體上與窩產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201610003002.5
• 申請日: 2016-01-04
• 公開（公告）號: CN105543356B
• 公開（公告）日: 2019-05-31
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張亞平;黃路生;謝海兵;任軍;艾華水;徐丹
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院昆明動物研究所;江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888
• 代理公司: 昆明今威專利商標(biāo)代理有限公司 53115
• 代理人: 楊宏珍

本發(fā)明涉及與豬產(chǎn)仔數(shù)性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)，具體涉及豬9號染色體上一個與窩產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物，屬生物技術(shù)領(lǐng)域。該SNP位點(diǎn)為基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr9:8179045；該位點(diǎn)的等位基因?yàn)門和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型，擴(kuò)增該位點(diǎn)的引物及延伸引物為：Chr9?PCRU：5’?TAT AAA AGA CTG TGT TGC TGC TAG A?3’；Chr9?PCRL：5’?AAT GTC AAA CTA GTT TAA GGA GTT GAA?3’；Chr9?SNPU：5’?TGA CTT TAG TGG GTG GCT GAG AAC TTA CAT?3’。帶有T/C基因型的豬產(chǎn)仔數(shù)高于C/C基因型,T為提高豬產(chǎn)仔數(shù)的有益等位基因并且T/C雜合豬產(chǎn)仔數(shù)最高。本發(fā)明的有益效果在于：全基因組重測序方法能夠快速、批量地篩選與性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)或基因，基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr9:8179045這個SNP位點(diǎn)能夠作為遺傳標(biāo)記用于豬的遺傳育種提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。

技術(shù)領(lǐng)域：

本發(fā)明涉及與豬產(chǎn)仔數(shù)性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)，具體涉及豬9號染色體上一個與窩產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物，屬生物技術(shù)領(lǐng)域。

背景技術(shù)：

豬的產(chǎn)仔數(shù)性狀是豬繁殖性狀的主要組成部分，提高豬產(chǎn)仔數(shù)對提高養(yǎng)豬業(yè)的總體經(jīng)濟(jì)效益意義重大。我國的太湖豬以高產(chǎn)而聞名，窩產(chǎn)仔數(shù)比大多數(shù)其它中國地方豬種以及國外豬種的窩產(chǎn)仔數(shù)多4-5頭(《中國豬品種志》張仲葛主編，上?？萍汲霭嫔纾?986)。太湖豬中與高產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)，能夠作為遺傳標(biāo)記用于提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。

全基因組重測序方法已廣泛應(yīng)用于各個物種的相關(guān)研究，它能夠快速全面地篩選出與性狀、功能相關(guān)的基因或突變位點(diǎn)，彌補(bǔ)了QTL定位以及候選基因方法費(fèi)時費(fèi)力、單一等不足。

在國內(nèi)外尚未見本發(fā)明中SNP位點(diǎn)與豬窩產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的公開文獻(xiàn)報道。

發(fā)明內(nèi)容：

本發(fā)明的目的是提供豬9號染色體上一個與窩產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其引物。

本發(fā)明選擇了二花臉豬(太湖豬的一種)，藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，及滇南小耳豬5個中國地方豬種以及野豬進(jìn)行了全基因組重測序。6個豬種的重測序個體數(shù)分別為11個，11個，9個，10個，10個和10個。重測序數(shù)據(jù)跟參考基因組(NCBI Build Sscrofa 10.2)進(jìn)行比對，利用SAMTools軟件進(jìn)行SNPs位點(diǎn)的提取。發(fā)明人比較了二花臉豬與其它5個豬種，在9號染色體上發(fā)現(xiàn)一個SNP位點(diǎn)(基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr9:8179045)與豬的產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。該位點(diǎn)的等位基因?yàn)門和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型。

篩選到該位點(diǎn)后，發(fā)明人在白色杜洛克×二花臉豬雜交資源群F₂代母豬個體中對其進(jìn)行驗(yàn)證和相關(guān)性分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)該位點(diǎn)與豬產(chǎn)仔數(shù)有顯著相關(guān)性。

本發(fā)明的有益效果在于：全基因組重測序方法能夠快速、批量地篩選與性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)或基因，基因組版本NCBI Build Sscrofa 10.2的Chr9:8179045這個SNP位點(diǎn)能夠作為遺傳標(biāo)記用于豬的遺傳育種提高母豬的產(chǎn)仔數(shù)。

附圖說明：

圖1為白色杜洛克×二花臉豬F₂代母豬資源群中Chr9:8179045位點(diǎn)3種基因型的產(chǎn)仔數(shù)比較(圖中兩種基因型產(chǎn)仔數(shù)比較時，*表示0.01≤P≤0.05；**表示P＜0.01)。

具體實(shí)施方案：

(1)SNP位點(diǎn)的群體分布特征