[發明專利]用于不進行比對預測微生物對抗微生物劑的抗性的基因測試

有效

• 申請號: 201580082246.0
• 申請日: 2015-08-06
• 公開（公告）號: CN108271393B
• 公開（公告）日: 2022-07-12
• 發明（設計）人: 安德烈亞斯·凱勒;蘇珊娜·施默爾克;科德·弗里德里希·施塔勒;克里斯蒂娜·巴克斯;瓦倫蒂娜·加拉塔
• 申請（專利權）人: 阿瑞斯遺傳股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6858
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.存儲程序代碼的計算機可讀介質，其包括計算機可執行的指令，所述指令被執行時實現確定微生物的抗微生物藥物的抗性譜的方法，所述方法包括：

獲得或提供所述微生物的多種臨床分離株的基因序列的第一數據集，

其中組裝所述第一數據集的基因序列的至少一部分；

分析所述第一數據集的基因序列的基因變體以獲得基因變體的第三數據集，其中不進行比對來檢測所述第一數據集的基因序列中的所述基因變體；

提供所述微生物的多種臨床分離株的抗微生物藥物的抗性和/或敏感性的第二數據集；

將所述第三數據集與所述第二數據集關聯，并對所述關聯進行統計學分析；以及

確定所述微生物的基因組中具有抗微生物藥物抗性的基因位點。

2.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述第一數據集的基因序列中的基因變體是單核苷酸多態性。

3.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述微生物是葡萄球菌屬(Staphylococcus)物種。

4.如權利要求1至3中任一項所述的計算機可讀介質，其中所述方法還用于確定患者感染對抗微生物藥物治療具有抗性的微生物，所述方法還包括：

確定獲得自患者的樣品中所包含或疑似包含的微生物的至少一個基因序列的至少一個位置的至少一個基因變體的存在，其中存在所述至少一個基因變體表明所述患者感染具有抗微生物藥物抗性的微生物。

5.如權利要求1至3中任一項所述的計算機可讀介質，其中所述方法還用于選擇對感染了具有抗性的微生物的患者的治療，所述方法還包括：

a)確定獲得自患者的樣品中所包含或者疑似包含的微生物的至少一個基因序列的至少一個位置的至少一個基因變體的存在，其中存在所述至少一個基因變體表明對一種或多種抗微生物藥物的抗性；以及

b)鑒定所述至少一種或多種抗微生物藥物。

6.如權利要求1至3中任一項所述的計算機可讀介質，其中所述方法還用于獲得、分別確定微生物的測試臨床分離株的抗微生物藥物的抗性譜，所述方法還包括：

接收所述微生物的所述測試臨床分離株的至少一個基因序列；以及

確定所述微生物的所述測試臨床分離株的至少一個基因序列中基因變體的存在。

7.如權利要求2所述的計算機可讀介質，其中將所述單核苷酸多態性注釋到所述微生物的泛基因組中和/或注釋到一個或多個參考基因組中。

8.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述微生物是細菌微生物。

9.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述抗微生物藥物是抗生素。

10.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述微生物是金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)。

11.如權利要求1所述的計算機可讀介質，其中所述抗微生物藥物是甲氧西林。