[發明專利]用于分子結構的輸入集合的相互作用參數

有效

• 申請號: 201580074108.8
• 申請日: 2015-11-24
• 公開（公告）號: CN107209813B
• 公開（公告）日: 2020-12-22
• 發明（設計）人: G·切列莫維斯基;P·波波維;G·杰列維揚科;S·格魯迪迪恩
• 申請（專利權）人: 國家信息及自動化研究院;國家科研中心
• 主分類號: G16B15/00
• 分類號: G16B15/00;G16C20/50
• 代理公司: 中國貿促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 李曉芳

1.一種用于確定評分向量w的方法，所述評分向量w是量化和/或限定受體-配體復合物的界面的幾何結構的相互作用的數學向量，其中受體-配體復合物在相互作用中呈現界面，其中所述相互作用需要量化和/或限定，其中所述方法包括以下步驟，其中以下步驟中的至少一個步驟由計算機實現或輔助：

(a)從至少一個計算機數據庫提供受體和配體的集合；

(b)向受體-配體復合物的界面的每個幾何結構指派特定結構向量x，所述特定結構向量x是表示界面的特定幾何結構的數學向量；

(c)計算作為所有特定結構向量x和評分向量w的函數的線性凸評分函數F；

(e)在正交多項式子空間中投影所述評分函數F；

(f)用公式表示凸優化問題；

(g)求解所述凸優化問題，由此確定評分向量w。

2.如權利要求1所述的方法，其中步驟(a)包括提供天然受體-配體復合物和非天然受體-配體復合物其中i索引在不同的蛋白質復合物上運行，并且其中j索引在為每個蛋白質復合物生成的假目標上運行。

3.如權利要求1所述的方法，其中在步驟(a)中，受體-配體復合物呈現包括不同原子類型的界面，其中原子類型k位于受體上，并且原子類型l位于配體相互作用上，k和l依賴于原子類型而變化，并且其中所述步驟(b)包括實現用于建模所述受體-配體復合物的界面的幾何結構的方法，其中第一化學分子被定義為受體，第二化學分子被定義為配體，所述用于建模所述受體-配體復合物的界面的幾何結構的方法包括：

(b1)從所述受體和配體的受體-配體復合物界面中選擇原子；

(b2)向每個所選擇的原子指派k和l之中的原子類型；

(b3)為受體-配體復合物提供受體的特定原子類型k的原子i與配體的特定原子類型l的原子j之間的距離r_ij，其中i索引在原子類型k中的特定原子上運行，其中j索引在原子類型l中的特定原子上運行；

(b4)可選地對于所有或其它原子類型k和l重復步驟(b2)；

(b5)將距離r_ij指派為原子類型的函數；以及

(b6)提供作為距離r_ij的函數的對受體-配體復合物的界面的幾何結構的建模。

4.如權利要求3所述的方法，其中受體-配體復合物的界面的幾何結構的所述建模考慮了距離r_ij的確定中的不準確性。

5.如權利要求3所述的方法，其中所述作為距離r_ij的函數的對受體-配體復合物的界面的幾何結構的所述建模由數密度n^kl(r)定義，其中所述數密度n^kl(r)被定義為：

其中每個距離分布由具有恒定方差σ²、中心在r_ij處的高斯分布表示，并且其中距離r_ij小于所確定的截斷距離r_max。

6.如權利要求1所述的方法，其中在步驟(e)中，正交多項式子空間是矩形、Legendre、Laguerre或傅里葉正交基。

7.如權利要求1所述的方法，其中步驟(f)包括使用應用到原始輸入數據的、人為生成的噪聲，其中所述噪聲由具有方差σ的輸入數據的高斯距離分布表示，其中σ是常數并且不依賴于原子類型，并且如果輸入數據被表示為一維信號，那么能夠將所述噪聲視為應用于所述輸入數據的高斯濾波器。

8.如權利要求1所述的方法，其中步驟(f)包括用公式表示凸優化問題，以便最小化凸函數。