[發明專利]用于進行甲基化檢測測定的組合物和方法

有效

• 申請號: 201580067547.6
• 申請日: 2015-12-11
• 公開（公告）號: CN107208135B
• 公開（公告）日: 2021-10-15
• 發明（設計）人: D.A.阿爾奎斯特;W.R.泰勒;D.W.馬奧尼;G.P.利德加德;H.T.阿拉維;A.瓦卡羅
• 申請（專利權）人: 精密科學公司;梅奧醫療教育與研究基金會
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張文輝;易方方

1.用于測定來自受試者的樣品的至少一種甲基化標記基因的量的試劑在制備用于篩選獲自受試者的樣品中的瘤的試劑盒中的用途，其中所述至少一種甲基化標記基因選自：波形蛋白、胞裂蛋白9、NDRG4、BMP3、VAV3、SFMBT2_897和TFPI2a，并且所述篩選包括如下步驟：

a)測定來自受試者的樣品的至少一種甲基化標記基因的量，所述至少一種甲基化標記基因選自由以下組成的組：獲自受試者的樣品中的波形蛋白、胞裂蛋白9、NDRG4、BMP3、VAV3、SFMBT2_897和TFPI2a；

b)測定所述樣品的所述樣品中的甲基化ZDHHC1 DNA的量；

c)將所述至少一種甲基化標記基因的量與所述樣品中的甲基化ZDHHC1 DNA的量進行比較，以確定所述樣品中所述至少一種標記基因的甲基化狀態；以及

d)產生報告所述樣品中所述至少一種標記基因的甲基化狀態的記錄。

2.如權利要求1所述的用途，其中所述至少一種標記是所述標記中的至少兩種。

3.如權利要求1所述的用途，其中所述至少一種標記是所有所述標記。

4.如權利要求1所述的用途，其中所述測定包括使用聚合酶鏈式反應、核酸測序、質譜、甲基化特異性核酸酶、基于質量的分離或靶捕獲。

5.如權利要求1所述的用途，其中測定所述樣品中所述標記的甲基化狀態包括測定一個堿基的甲基化狀態。

6.如權利要求1所述的用途，其中測定所述樣品中所述標記的甲基化狀態包括測定多個堿基處的甲基化的程度。

7.如權利要求1所述的用途，其中所述標記的甲基化狀態包括相對于所述標記的正常甲基化狀態的所述標記的增加或減少的甲基化。

8.如權利要求1所述的用途，其中所述標記的甲基化狀態包括相對于所述標記的正常甲基化狀態的所述標記的不同甲基化模式。

9.如權利要求1所述的用途，其包括測定正向鏈的甲基化狀態或測定反向鏈的甲基化狀態。

10.如權利要求1所述的用途，其中所述瘤是胃腸道瘤。

11.如權利要求1所述的用途，其中所述瘤存在于所述受試者的上胃腸道區域中。

12.如權利要求1所述的用途，其中所述瘤存在于所述受試者的下胃腸道區域中。

13.如權利要求1所述的用途，其中所述瘤是胰腺瘤、結腸直腸瘤、膽管瘤、胃瘤、食道瘤或腺瘤。

14.如權利要求1所述的用途，其中所述瘤是癌前的。

15.如權利要求1所述的用途，其中所述樣品是糞便樣品、組織樣品、胰液樣品、胰腺囊腫液樣品、血液樣品或尿液樣品。

16.如權利要求1所述的用途，其中所述測定還包括鑒定所述樣品中的KRAS突變評分的步驟。

17.如權利要求16所述的用途，其中所述KRAS突變評分的所述測定通過數字熔解曲線分析或定量等位基因特異性PCR來測量。

18.如權利要求16所述的用途，其中所述測定包括檢測ZDHHC1、BMP3、NDRG4的甲基化狀態，并鑒定所述樣品中的KRAS突變評分。

19.如權利要求1所述的用途，其中所述篩選還包括確定所述樣品中血紅蛋白的存在的步驟。

20.如權利要求1所述的用途，其中所述受試者是患有炎性腸病的患者。