[發(fā)明專利]用于變應(yīng)原的選擇性定量與檢測的方法和系統(tǒng)在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201580054874.8 | 申請日： | 2015-08-11 |
| 公開（公告）號： | CN106796242A | 公開（公告）日： | 2017-05-31 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | T·J·阿曼;B·W·謝弗;R·C·希爾;G·單 | 申請（專利權(quán)）人： | 美國陶氏益農(nóng)公司 |
| 主分類號： | G01N33/68 | 分類號： | G01N33/68;G01N30/72;C07K1/12;C07K1/14 |
| 代理公司： | 北京坤瑞律師事務(wù)所11494 | 代理人： | 羅天樂 |
| 地址： | 美國印*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 變應(yīng)原 選擇性 定量 檢測 方法 系統(tǒng) | ||
1.一種選擇候選特征肽用于從基于植物的樣品中定量已知的變應(yīng)原和潛在變應(yīng)原的方法，包括：
(a)基于與至少一種已知變應(yīng)原蛋白質(zhì)序列的同源性鑒定潛在變應(yīng)原；
(b)進(jìn)行所述至少一種已知變應(yīng)原與步驟(a)中鑒定的潛在變應(yīng)原的序列比對；
(c)基于所述序列比對選擇共有序列或代表性序列；
(d)基于來自步驟(c)中選擇的共有序列或代表性序列的序列比對和計算機(jī)消化數(shù)據(jù)的保守區(qū)域或結(jié)構(gòu)域，確定多個候選特征肽；和
(e)基于所述特征肽的測量，定量所述基于植物的樣品中的所述至少一種已知變應(yīng)原和潛在變應(yīng)原的量。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述定量步驟使用柱色譜和質(zhì)譜。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述定量步驟包括使用高分辨率精確質(zhì)量質(zhì)譜(HRAM MS)測量所述多個候選特征肽。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述定量步驟包括從質(zhì)譜計算所述候選特征肽的相應(yīng)峰高度或峰面積。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述定量步驟包括將來自質(zhì)譜的高碎裂模式和低碎裂模式的數(shù)據(jù)進(jìn)行比較。
6.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種已知的變應(yīng)原包括Gly m 1，Gly m 3，Gly m 4，Gly m 5(β-伴大豆球蛋白)，Gly m 6(大豆球蛋白)G1，Gly m 6)G2，Gly m 6(大豆球蛋白)G3，Gly m 6(大豆球蛋白)G4或Gly m 6(大豆球蛋白)前體。
7.權(quán)利要求1的方法，其中所述潛在的變應(yīng)原包括選自下組的至少一種序列：
(a)對于Gly m 1為SEQ ID NO:12和30-35；
(b)對于Gly m 3為SEQ ID NO:13和39-40；
(c)對于Gly m 4為SEQ ID NO:14和43-51；
(d)對于Gly m 5為SEQ ID NO:15和62-74；
(e)對于Gly m 6 G1為SEQ ID NO:16和95；
(f)對于Gly m 6 G2為SEQ ID NO:17和107；
(g)對于Gly m 6 G3為SEQ ID NO:18；
(h)對于Gly m 6 G4為SEQ ID NO:19和131-134；和
(i)對于Gly m 6前體為SEQ ID NO:20。
8.權(quán)利要求1的方法，其中所述候選特征肽包含選自下組的至少一種序列：
(a)對于Gly m 1為SEQ ID NO:1，36和37；
(b)對于Gly m 3為SEQ ID NO:2和41；
(c)對于Gly m 4為SEQ ID NO:52-57；
(d)對于Gly m 5為SEQ ID NO:3和75-94；
(e)對于Gly m 6 G1為SEQ ID NO:96-106；
(f)對于Gly m 6 G2為SEQ ID NO:4和108-120；
(g)對于Gly m 6 G3為SEQ ID NO:5和121-129；
(h)對于Gly m 6 G4為SEQ ID NO:135-156和58；和
(i)對于Gly m 6前體為SEQ ID NO:6，59和60。
9.權(quán)利要求1的方法，其中所述基于植物的樣品包含大豆種子或大豆種子的部分。
10.一種用于在基于植物的樣品中定量一種或多種具有已知氨基酸序列的目標(biāo)蛋白質(zhì)的系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括：
(a)用于從基于植物的樣品中提取蛋白質(zhì)的高通量手段；
(b)用于以至少一種蛋白酶消化所提取的蛋白質(zhì)的處理模塊；
(c)用于在單個步驟中分離肽的分離模塊；
(d)選擇模塊，用于為至少一種已知的變應(yīng)原和潛在的變應(yīng)原選擇多個特征肽；和
(e)用于測量多個特征肽的質(zhì)譜。
11.權(quán)利要求10的系統(tǒng)，其中所述分離模塊包括柱色譜。
12.權(quán)利要求11的系統(tǒng)，其中所述柱色譜包括液相柱色譜。
13.權(quán)利要求10的系統(tǒng)，其中所述質(zhì)譜包括高分辨率精確質(zhì)量質(zhì)譜(HRAM MS)。
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