[發明專利]一種檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法

有效

• 申請號: 201510198145.1
• 申請日: 2015-04-23
• 公開（公告）號: CN104745718B
• 公開（公告）日: 2018-02-16
• 發明（設計）人: 馮濤;楊凱;邢麗賢
• 申請（專利權）人: 北京中儀康衛醫療器械有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京名華博信知識產權代理有限公司11453
• 代理人: 張玉樞

1.一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1）將獲自體外培養的囊胚滋養層細胞進行全基因組擴增，將擴增后的基因組DNA分子隨機打斷，得到DNA片段，并對得到的DNA片段進行測序，獲得測序的讀段；

2）將步驟1）中測定的DNA序列與人類基因組參考序列進行比對，將所測DNA序列定位于參考序列上；

3）篩選參考序列非重復區域，去除參考序列上長度為n并且在參考序列其它位置出現完全一致序列的區域，保留非重復區域；

4）通過正常樣本建立窗口內讀段數目矩陣，對預先準備正常樣本數據進行分析，統計步驟3）中非重復區域內各窗口讀段數，建立讀段數及染色體整倍體的概率矩陣；

5）根據步驟4）中概率矩陣及預先建立的轉移矩陣，計算位點的拷貝數即A/B/C 狀態，具體步驟如下：

對于參考序列上的位點b，計算b=1 位點的部分概率δ(i, 1)，δ(i, b) 表示b位點到狀態i的所有可能中最大的的概率；計算b>1位點的部分概率，利用b-1位點計算b位點的部分概率為δ(i,b)=max(δ(j,b-1)ajibik)，其中aji表示從狀態 j轉移到狀態i的概率，bik表示狀態i的讀段數為k的概率；回溯序列，在每一個中間位點和結束位點均有一個部分最優概率δ(i,b)，記錄形成某個位點最大局部概率的前一個狀態，得到所有位點的狀態序列；

6）基于步驟5）中得到的待測樣品數據的狀態序列，將連續m個位點為A 狀態選擇為微重復位點，連續m個位點為C 狀態選擇為微缺失位點。

2.根據權利要求1所述的一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，所述讀段為測序獲得的序列片段。

3.根據權利要求2所述的一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，步驟1）中，DNA 分子的隨機打斷處理采用酶切、霧化、超聲或物理剪切法。

4.根據權利要求3所述的一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，步驟1）中，所述DNA 分子被打斷至平均長度為100bp-200bp。

5.根據權利要求4所述的一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，步驟1）中，所述的測序方法為高通量測序方法Ion Torrent/PGM，所述DNA 的平均長度為120bp。

6.根據權利要求5所述的一種用于非診斷目的的檢測人類胚胎染色體微缺失和微重復的方法，其特征在于，測序深度為0.01-0.1X。