[發明專利]分離對癌癥特異性突變具有抗原特異性的T細胞的方法

在審

• 申請號: 201480082922.X
• 申請日: 2014-10-02
• 公開（公告）號: CN107075479A
• 公開（公告）日: 2017-08-18
• 發明（設計）人: 埃里克·特蘭;盧勇成;保羅·E·羅賓斯;史蒂文·A·羅森伯格
• 申請（專利權）人: 美國衛生和人力服務部
• 主分類號: C12N5/0783
• 分類號: C12N5/0783;A61P35/00
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司11204
• 代理人: 王達佐,洪欣

1.分離對由癌癥特異性突變編碼的突變的氨基酸序列具有抗原特異性的T細胞的方法，所述方法包括：

鑒定患者癌細胞的核酸中的一個或多個基因，每個基因含有編碼突變的氨基酸序列的癌癥特異性突變；

誘導患者的自體抗原呈遞細胞(APC)以呈遞突變的氨基酸序列；

將患者的自體T細胞與呈遞突變的氨基酸序列的自體APC共培養；和

選擇(a)與呈遞突變的氨基酸序列的自體APC共培養，并且(b)對在患者表達的主要組織相容性復合體(MHC)分子的環境下所呈遞的突變的氨基酸序列具有抗原特異性的自體T細胞，以提供對由癌癥特異性突變編碼的突變的氨基酸序列具有抗原特異性的分離的T細胞。

2.如權利要求1所述的方法，其中誘導所述患者的自體APC以呈遞所述突變的氨基酸序列，包括用包含所述突變的氨基酸序列的肽或肽庫來對APC進行脈沖，所述庫中的每個肽包含不同的突變的氨基酸序列。

3.如權利要求1所述的方法，其中誘導所述患者的自體APC以呈遞所述突變的氨基酸序列，包括將編碼所述突變的氨基酸序列的核苷酸序列引入到所述APC。

4.如權利要求3所述的方法，其中引入到自體APC的所述核苷酸序列是串聯小基因(TMG)構建體，每個小基因包含不同的基因，每個基因包含編碼突變的氨基酸序列的癌癥特異性突變。

5.如權利要求1-4中任一項所述的方法，其還包括從所述患者獲得腫瘤的多個碎塊，將來自所述多個碎塊中的每一個的自體T細胞分別與呈遞所述突變的氨基酸序列的自體APC共培養，并且分別評估來自所述多個碎塊中的每一個的T細胞對突變的氨基酸序列的抗原特異性。

6.如權利要求1-5中任一項所述的方法，其中選擇對突變的氨基酸序列具有抗原特異性的自體T細胞，包括選擇性培育對突變的氨基酸序列具有抗原特異性的自體T細胞。

7.如權利要求1-6中任一項所述的方法，其中選擇對突變的氨基酸序列具有抗原特異性的自體T細胞，包括選擇表達以下的任一種或多種的T細胞：程序性細胞死亡因子1(PD-1)、淋巴細胞活化基因3(LAG-3)、T細胞免疫球蛋白和粘蛋白結構域3(TIM-3)、4-1BB、OX40和CD107a。

8.如權利要求1-7中任一項所述的方法，其中選擇對突變的氨基酸序列具有抗原特異性的自體T細胞，包括選擇這樣的T細胞：(i)相比由陰性對照分泌的一種或多種細胞因子的量，在與呈遞所述突變的氨基酸序列的APC共培養時分泌更多量的一種或多種細胞因子，或者(ii)其中相比分泌一種或多種細胞因子的陰性對照T細胞的數量，在與呈遞所述突變的氨基酸序列的APC共培養時至少兩倍數量的T細胞分泌一種或多種細胞因子。

9.如權利要求8所述的方法，其中所述一種或多種細胞因子包括：干擾素(IFN)-γ、白細胞介素(IL)-2、腫瘤壞死因子-α(TNF-α)、粒細胞/單核細胞集落刺激因子(GM-CSF)、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10、IL-17和IL-22。

10.如權利要求1-9中任一項所述的方法，其中鑒定癌細胞的核酸中的一個或多個基因，包括對所述癌細胞的全外顯子組、全基因組或全轉錄組進行測序。

11.制備對由癌癥特異性突變編碼的突變的氨基酸序列具有抗原特異性的T細胞群的方法，所述方法包括：

根據權利要求1-10中任一項所述的方法分離T細胞，和

擴增所選擇的自體T細胞的數量，以獲得對由癌癥特異性突變編碼的突變的氨基酸序列具有抗原特異性的T細胞群。

12.如權利要求11所述的方法，其中擴增其細胞數量包括用飼養PBMC、白細胞介素(IL)-2和OKT3抗體培養所選擇的細胞。

13.根據權利要求11或12所述的方法制備的分離的細胞群。

14.藥物組合物，其包含權利要求13所述的分離的細胞群和藥學上可接受的載體。

15.權利要求13所述的分離的細胞群或權利要求14所述的藥物組合物，其用于治療或預防哺乳動物的癌癥。

16.如權利要求15所述用途的分離的細胞群或藥物組合物，其中所述癌癥是上皮癌。