[發明專利]一種檢測小麥條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因（Mapk1）SNP位點的方法

無效

• 申請號: 201410353110.6
• 申請日: 2014-07-21
• 公開（公告）號: CN104141010A
• 公開（公告）日: 2014-11-12
• 發明（設計）人: 李明菊;陳萬權;李昊星;劉太國;段霞瑜;程加省;徐志;畢云青;張慶;許韜
• 申請（專利權）人: 云南省農業科學院農業環境資源研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京科億知識產權代理事務所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體涉及一種檢測小麥條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因(Mapk1)SNP位點的方法。?

背景技術

單核苷酸多態性(Single?nucleotide?polymorphism)，即SNP，是由于單個核苷酸改變而導致的核酸序列多態。SNP在植物病原真菌基因組中的發生頻率較高，大約平均每1000個堿基中就有一個多態位點(可變位點)，SNP是繼微衛星之后的第三代遺傳標記。有些SNP位點還會影響基因的功能，從而導致生物性狀改變甚至致病。基于SNP的這些特點，它被廣泛用于植物病原真菌的起源、進化及基因漂移和致病相關基因的研究，在突變體檢測、病原真菌鑒定和致病基因克隆等研究中起重要作用。SNP在小麥條銹菌的研究上處于起步階段，在目前提交到GeneBank中的條銹菌的SNP位點目前尚無報道，由本第一發明人申請的“一種用于檢測小麥條銹菌細胞周期依賴性蛋白激酶2基因(Cdc2)SNP位點的方法”的技術發明專利，已獲受理并公開。但對于檢測小麥條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因(Mapk1)SNP位點的方法，尚無報道，也無專利可查。基于此前提，本發明首次發明了檢測條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因(Mapk1)SNP位點的方法，為研究者利用SNP研究條銹菌的起源、進化、傳播及性?狀改變等開創了新的方法。?

目前對小麥條銹菌起源、進化、傳播等分子群體遺傳學研究主要是基于DNA指紋技術，如RAPD、SSR及AFLP等標記技術。這些指紋技術對研究條銹菌的起源及進化等研究，一是精確度不夠，二是不能用于復雜的種群模型推斷，且費工費時。而SNP技術是基于DNA序列，即通過測序而實現，相對于指紋技術更加精確，能夠用于復雜的數學統計模型，且通過測序儀完成，操作簡單，省工省時。該技術由于其本身的精確性，能在分子水平上揭示更多的細節，從而使我們發現以前的技術不能發現的問題，更深入地揭示條銹菌的起源、進化等一系列科學問題。?

發明內容

本發明旨在提供一種檢測小麥條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因(Mapk1)SNP位點的方法。?

本發明通過以下技術方案實現：?

一種檢測小麥條銹菌促分裂原活化蛋白激酶1基因(Mapk1)SNP位點的方法，使用專用引物對條銹菌DNA進行PCR擴增，然后對擴增產物進行測序，經過與標準序列比對，從而檢測到所測序列的SNP位點。?

所述的專用引物為：?

正向引物：Map1351S:5'GTCGGTCGGGTGTATCCT3'；?

反向引物：Map1683A:5'GGTTCATCTTCGGGGTCA3'。?

所述的PCR擴增反應體系為20μl，其中，樣品DNA，20ng/μl，?1μl；Primer?S和A(10μM)各1μl；2×Taq?PCR?MasterMix，10μl；ddH₂O，7μl。?

所述的2×Taq?PCR?MasterMix成分為：0.1U?Taq?Polymerase/μl，500μM?dNTP?each，20mM?Tris-HCl(PH8.3)，100mMKCl，3mMMgCl₂，本領域常規的穩定劑和增強劑；PCR反應程序：96℃，5min，1cycle；96℃，25s，55℃，25s，72℃，45s，34cycles；72℃延伸5min。?

所述的比對為以設計引物的小麥條銹菌Mapk1基因序列(GeneBank登錄號HM535614.1，全長332bp)作為標準序列，用所測序列與標準序列比對。?

本發明的有益效果為：相對于目前較先進的SSR及AFLP技術，不用跑板，PCR完后直接送測序，操作簡單，耗時少，且測序結果比指紋結果更為可靠，更能揭示分子水平上的細節問題，為我們研究提供更多的信息。?

具體實施方式

下面結合實施例對本發明做進一步的說明，以下所述，僅是對本發明的較佳實施例而已，并非對本發明做其他形式的限制，任何熟悉本專業的技術人員可能利用上述揭示的技術內容加以變更或改型為同等變化的等效實施例。凡是未脫離本發明方案內容，依據本發明的技術實質對以上實施例所做的任何簡單修改、等同變化與改型，均落在本發明的保護范圍內。?