[發明專利]利用全基因組和EST數據開發多態性EST?SSR標記的方法

有效

• 申請號: 201410235537.6
• 申請日: 2014-05-24
• 公開（公告）號: CN104673884B
• 公開（公告）日: 2017-11-07
• 發明（設計）人: 楊先泉;劉堅;瞿靜濤;王西瑤;劉春雷;倪蘇;李立芹;易游人;袁娟
• 申請（專利權）人: 四川農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/22
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.利用全基因組和EST數據開發多態性EST-SSR標記的方法，其特征在于，包括下述步驟：

①獲取基因組序列與EST數據，從公共數據庫下載基因組序列數據、相應的基因注釋信息和EST數據，用基因組注釋信息進行基因組外顯子、內含子序列分析，選取基因TSS轉錄起始位點前2000bp作為啟動子序列；

②將步驟①獲得的全基因組數據進行SSR位點搜索與分析，采用MISA程序掃描全基因組染色體DNA序列，搜索、分析基因組序列中包含的SSR位點；

③單一SSR位點篩選，采用Perl編寫程序，從每個SSR位點前5bp開始，提取18～24bp的序列作為電子模擬PCR擴增的上引物；從SSR位點后間隔10～24bp提取18～24bp序列，反向互補后作為下引物；采用Bowtie軟件將引物序列比對到步驟①所下載的參考基因組上，根據需要允許若干個堿基的錯配；采用Perl語言編寫程序，鑒定、篩選單一SSR位點；

④EST中多態性SSR位點鑒定與分析，采用序列比對軟件Bowtie以EST序列為模板，以具有單一側翼序列的SSR比對引物進行比對，采用Perl語言編程統計匹配區域長度信息；

⑤多態性EST-SSR位點篩選，篩選EST模板中有2個以上模擬擴增產物，且產物具有多態性的EST-SSR位點；

⑥多態性EST-SSR標記引物設計，采用引物設計軟件設計多態性EST-SSR標記引物。

2.根據權利要求1所述的利用全基因組和EST數據開發多態性EST-SSR標記的方法，其特征在于：所述基因組和EST數據為植物基因組和EST數據。

3.根據權利要求1所述的利用全基因組和EST數據開發多態性EST-SSR標記的方法，其特征在于：所述基因組和EST數據為動物基因組和EST數據。

4.根據權利要求1所述的利用全基因組和EST數據開發多態性EST-SSR標記的方法，其特征在于：所述基因組和EST數據為微生物基因組和EST數據。

5.根據權利要求1所述的利用全基因組和EST數據開發多態性EST-SSR標記的方法，其特征在于：所述基因組和EST數據為馬鈴薯基因組和EST數據。