[發明專利]一種藥物反應數據庫建立方法和裝置

在審

• 申請號: 201410151325.X
• 申請日: 2014-04-16
• 公開（公告）號: CN103955631A
• 公開（公告）日: 2014-07-30
• 發明（設計）人: 賀建奎;程容海;陳杳;童寅;潘藝丹;葛良進
• 申請（專利權）人: 南方科技大學;深圳市瀚海基因生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/28
• 分類號: G06F19/28
• 代理公司: 廣州三環專利代理有限公司 44202
• 代理人: 郝傳鑫;熊永強

技術領域

本發明涉及互聯網技術領域，尤其涉及一種藥物反應數據庫建立方法和裝置。

背景技術

隨著高通量測序技術的迅猛發展，全基因組測序技術的價錢目前已經降低。然而，現在關于基因解讀技術的瓶頸是如何將原始的脫氧核糖核酸（Deoxyribonucleic?acid，DNA）的堿基序列轉化為臨床醫學信息。在過去幾十年中，基因組與特定的藥物的毒副作用、劑量以及藥效之間的相互作用的關系被越來越多的科學研究發現和證實。而單核苷酸多態性（Single?Nucleotide?Polymorphisms，SNP）作為基因組上單個核苷酸的變異，因此，如何將SNP數據與醫學信息建立關聯是當前急需解決的問題。

發明內容

本發明提供一種藥物反應數據庫建立方法和裝置，可以解決將SNP數據與醫學信息建立關聯的問題。

第一方面，本發明提供一種藥物反應數據庫建立方法，包括：

獲取用戶基因組的SNP數據，所述SNP數據包括至少一個SNP位點的形態信息，所述SNP位點的形態信息包括該SNP位點的標識、該SNP位點所屬的染色體、該SNP位點在該染色體的定位和該SNP位點的基因型；

獲取生物數據庫，所述生物數據庫包括多個SNP位點對應的藥物反應信息；

將所述SNP數據與所述生物數據庫進行比對，從所述生物數據庫中選擇所述SNP數據包括的至少一個SNP位點對應的藥物反應信息；

將所述選擇的獲取反應信息建立為所述用戶的藥物反應數據庫SNP。

第二方面，本發明提供一種藥物反應數據庫建立裝置，包括：第一獲取單元、第二獲取單元、比對單元和建立單元，其中：

所述第一獲取單元，用于獲取用戶基因組的單核苷酸多態性SNP數據，所述SNP數據包括至少一個SNP位點的形態信息，所述SNP位點的形態信息包括該SNP位點的標識、該SNP位點所屬的染色體、該SNP位點在該染色體的定位和該SNP的基因型；

所述第二獲取單元，用于獲取生物數據庫，所述生物數據庫包括多個SNP位點對應的藥物反應信息；

所述比對單元，用于將所述SNP數據與所述生物數據庫進行比對，從所述生物數據庫中選擇所述SNP數據包括的至少一個SNP位點對應的藥物反應信息；

所述建立單元，用于將所述選擇的獲取反應信息建立為所述用戶的藥物反應數據庫SNP。

上述技術方案中，獲取用戶基因組的SNP數據，所述SNP數據包括至少一個SNP位點的形態信息，再獲取生物數據庫，以及將所述SNP數據與所述生物數據庫進行比對，從所述生物數據庫中選擇所述SNP數據包括的至少一個SNP位點對應的藥物反應信息，再將所述選擇的獲取反應信息建立為所述用戶的藥物反應數據庫。從而本發明可以建立包括用戶的SNP數據與醫學信息的對應關系的數據庫。

附圖說明

為了更清楚地說明本發明實施例或現有技術中的技術方案，下面將對實施例或現有技術描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖僅僅是本發明的一些實施例，對于本領域普通技術人員來講，在不付出創造性勞動的前提下，還可以根據這些附圖獲得其他的附圖。

圖1是本發明實施例提供的一種藥物反應數據庫建立方法的流程示意圖；

圖2是本發明實施例提供的一種可選的SNP數據文件獲取示意圖；

圖3是本發明實施例提供的另一種藥物反應數據庫建立方法的流程示意圖；

圖4是本發明實施例提供的一種藥物反應數據庫建立裝置的結構示意圖；

圖5是本發明實施例提供的另一種藥物反應數據庫建立方法的結構示意圖。

具體實施方式

下面將結合本發明實施例中的附圖，對本發明實施例中的技術方案進行清楚、完整地描述，顯然，所描述的實施例僅僅是本發明一部分實施例，而不是全部的實施例。基于本發明中的實施例，本領域普通技術人員在沒有作出創造性勞動前提下所獲得的所有其他實施例，都屬于本發明保護的范圍。

請參閱圖1，圖1是本發明實施例提供的一種藥物反應數據庫建立方法的流程示意圖，如圖1所示，包括以下步驟：

101、獲取用戶基因組的SNP數據，所述SNP數據包括至少一個SNP位點的形態信息，所述SNP位點的形態信息包括該SNP位點的標識、該SNP位點所屬的染色體、該SNP位點在該染色體的定位和該SNP位點的基因型。

可選的，上述SNP數據可以是SNP微列陣數據。