[發(fā)明專利]用于基因型鑒定結(jié)核分枝桿菌的引物、SNP標(biāo)記及方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201380061501.4
• 申請(qǐng)日: 2013-11-26
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN104995314A
• 公開(kāi)（公告）日: 2015-10-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 蔡世峰;林建興;杜鴻運(yùn)
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 財(cái)團(tuán)法人國(guó)家衛(wèi)生研究院
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 永新專利商標(biāo)代理有限公司 72002
• 代理人: 左路

相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用

本申請(qǐng)要求2012年11月26日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)No.61/730,033的優(yōu)先權(quán)，其公開(kāi)的內(nèi)容通過(guò)引用全部并入本文。

背景技術(shù)

1.技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明系關(guān)于檢測(cè)結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium?tuberculosis)，尤其是基因型鑒定結(jié)核分枝桿菌(M.tuberculosis)，之引物、SNP標(biāo)記及方法。

2.相關(guān)領(lǐng)域的描述

結(jié)核病(TB)為全球性的健康議題。世界衛(wèi)生組織(WHO)已確認(rèn)結(jié)核病為流行病之一，并評(píng)估全球約三分之一的人口曾被結(jié)核分枝桿菌(MTB)所感染。流行病學(xué)研究已證實(shí)，不同基因型之結(jié)核分枝桿菌(MTB)可能于不同地區(qū)盛行，且基因型分布系與人口遷移相關(guān)。MTB基因組多樣性是否會(huì)影響人類疾病之臨床狀況仍未有定論。

MTB菌株H37Rv之完整基因組已于1988年公開(kāi)，其長(zhǎng)度約4Mb，并包含約4000個(gè)基因。MTB可被分類為6個(gè)主要菌株及15個(gè)次要菌株。基因組變異影響MTB之傳播、毒性、抗微生物劑抗性及其它屬性，因此，用以區(qū)分不同MTB分離株之分子技術(shù)之發(fā)展亦為流行病學(xué)之重要關(guān)注焦點(diǎn)。

已發(fā)展出聚焦于產(chǎn)生系統(tǒng)發(fā)生信息數(shù)據(jù)之基因型鑒定方法，以研究不同來(lái)源之多個(gè)臨床樣品。近來(lái)，常使用兩種基因型鑒定方法進(jìn)行結(jié)核病傳播之研究(van?Deutekom?H.et?al.,J?Clin?Microbiol?2005,43(9):4473-4479)。間格區(qū)寡核苷酸分型(spoligotyping)系基于直接重復(fù)(DR)基因座之多態(tài)性，所述基因座由以非重復(fù)性間隔序列分開(kāi)之36-bp之DR拷貝所組成。其為以PCR為基礎(chǔ)之反向雜交技術(shù)進(jìn)行MTB基因型鑒定。攜帶式數(shù)據(jù)格式可使實(shí)驗(yàn)室之間之比對(duì)更易于進(jìn)行。到公開(kāi)時(shí)日，基于間格區(qū)寡核苷酸分型特征匹配建立了可免費(fèi)取得的菌株品系鑒定之?dāng)?shù)據(jù)庫(kù)(Brudey?K?et?al.,BMC?Microbiol?2006,6:23)。另一種用于MTB菌株分型之分子技術(shù)則以分枝桿菌散置重復(fù)單元(MIRU)之不同數(shù)量縱列重復(fù)(VNTR)為基礎(chǔ)(Mazars?E.et?al.,Proc?Natl?Acad?Sci?USA?2001,98(4):1901-1906；Comas?I.et?al.,PLoS?One?2009,4(11):e7815；Supply?P.et?al.,Mol?Microbiol?2000,36(3):762-771)。此方法系基于在所選的12、15或24個(gè)MIRU基因座的每個(gè)中所觀察到的重復(fù)之?dāng)?shù)目，所述重復(fù)之?dāng)?shù)目使用以PCR為基礎(chǔ)之方法確定。

然而，用于基因型鑒定MTB的常規(guī)方法仍有缺點(diǎn)，包含DNA樣品需求量大、耗時(shí)、敏感性及特異性不足、無(wú)法對(duì)特定菌株進(jìn)行基因分型。因此，仍須改善基因型鑒定MTB之方法。

發(fā)明內(nèi)容

本申請(qǐng)描述用于基因型鑒定結(jié)核分枝桿菌之引物組，其選自引物組1至25之一。

本申請(qǐng)?zhí)峁┯糜诨蛐丸b定結(jié)核分枝桿菌之延伸引物，其選自SEQ?ID?No.51至75之一。

本申請(qǐng)?zhí)峁┙Y(jié)核分枝桿菌之單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記之組合，所述標(biāo)記選自SEQ?ID?No.76之位置301之T、SEQ?ID?No.77之位置301之A、SEQ?ID?No.78之位置301之A、SEQ?ID?No.79之位置301之G、SEQ?ID?No.80之位置301之G、SEQ?ID?No.81之位置301之G、SEQ?ID?No.82之位置301之C、SEQ?ID?No.83之位置301之G、SEQ?ID?No.84之位置301之C、SEQ?ID?No.85之位置301之A、SEQ?ID?No.86之位置301之A、SEQ?ID?No.87之位置301之A、SEQ?ID?No.88之位置301之G、SEQ?ID?No.89之位置301之A、SEQ?ID?No.90之位置301之G、SEQ?ID?No.91之位置301之G、SEQ?ID?No.92之位置301之A、SEQ?ID?No.93之位置301之C、SEQ?ID?No.94之位置301之C、SEQ?ID?No.95之位置301之T、SEQ?ID?No.96之位置301之T、SEQ?ID?No.97之位置301之T、SEQ?ID?No.98之位置301之T、SEQ?ID?No.99之位置301之T以及SEQ?ID?No.100之位置301之C。