[發明專利]使用序列標簽的序列確定方法

無效

• 申請號: 201380042163.X
• 申請日: 2013-06-11
• 公開（公告）號: CN104520443A
• 公開（公告）日: 2015-04-15
• 發明（設計）人: 馬利克·法哈姆;馬丁·穆爾黑德;托馬斯·威利斯;建標·鄭
• 申請（專利權）人: 賽昆塔公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王思琪;鄭霞

1.一種確定免疫組庫的克隆型的方法，所述方法包括步驟：

(a)從個體獲得包含T細胞和/或B細胞的樣品；

(b)將序列標簽附接到T細胞受體基因或者T細胞和/或B細胞的免疫球蛋白基因的重組核酸的分子，以形成標簽-分子軛合物，其中所述標簽-分子軛合物的基本上每個分子具有獨特的序列標簽；

(c)擴增所述標簽-分子軛合物；

(d)測序所述標簽-分子軛合物；以及

(e)比對相似序列標簽的序列讀段以確定相應于所述組庫的相同克隆型的序列讀段。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述比對的步驟還包括通過在所述相似序列標簽的所述克隆型的每個核苷酸位置確定大多數核苷酸而確定每個所述標簽-分子軛合物的每個所述克隆型的核苷酸序列。

3.根據權利要求1所述的方法，其中所述附接的步驟包括通過取樣標記所述重組核酸的分子。

4.根據權利要求3所述的方法，其中所述附接的步驟在反應混合物中實施，使得所述序列標簽以所述重組核酸的分子的濃度的至少100倍的濃度存在于所述反應混合物中。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述序列標簽被摻入對于所述重組核酸的分子特異的引物中。

6.根據權利要求5所述的方法，其中所述序列標簽為嵌合標簽。

7.一種確定樣品中淋巴細胞的數目的方法，所述方法包括步驟：

(a)從個體獲得包含淋巴細胞的樣品；

(b)將序列標簽附接到所述淋巴細胞的T細胞受體基因或免疫球蛋白基因的重組核酸的分子，以形成標簽-分子軛合物，其中所述標簽-分子軛合物的基本上每個分子具有獨特的序列標簽；

(c)擴增所述標簽-分子軛合物；

(d)測序所述標簽-分子軛合物；

(e)計數不同的序列標簽的數目，以確定所述樣品中淋巴細胞的數目。

8.根據權利要求7所述的方法，其中所述重組核酸為DNA。

9.根據權利要求7所述的方法，其中所述淋巴細胞為T細胞，并且所述重組核酸為T細胞受體基因或其片段。

10.根據權利要求7所述的方法，其中所述淋巴細胞為B細胞，并且所述重組核酸為免疫球蛋白基因或其片段。

11.一種確定免疫組庫的克隆型的方法，所述方法包括步驟：

(a)從個體獲得包含T細胞和/或B細胞的樣品；

(b)通過取樣標記來自所述T細胞和/或B細胞的分子以形成標簽-分子軛合物，其中每個標簽具有序列并且每個分子包含來自T細胞受體基因或免疫球蛋白基因的重組核酸；

(c)測序所述標簽-分子軛合物；并且

(d)比對相似標簽的序列讀段以確定相似的克隆型。

12.根據權利要求11所述的方法，其中所述比對的步驟還包括通過在所述相似序列標簽的所述克隆型的每個核苷酸位置確定大多數核苷酸而確定每個所述標簽-分子軛合物的每個所述克隆型的核苷酸序列。

13.根據權利要求11所述的方法，其中所述附接的步驟在反應混合物中實施，使得所述序列標簽以所述重組核酸的分子的濃度的至少100倍的濃度存在于所述反應混合物中。

14.一種在正被監測微小殘留病的患者中檢測克隆型殘留污染的方法，所述方法包括步驟：

(a)通過根據權利要求1所述的方法定期地測量所述患者的克隆型譜而監測患者的微小殘留病；和

(b)記錄克隆型譜的每個測量的每個所述序列標簽的所述序列；以及

(c)如果在后面的克隆型譜中檢測到任何先前的克隆型譜的序列標簽，則檢測到克隆型殘留污染。