[發(fā)明專利]樣品制備方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201380038915.5
• 申請日: 2013-05-21
• 公開（公告）號: CN104736722B
• 公開（公告）日: 2018-08-07
• 發(fā)明（設計）人: 史蒂文·羅伯特·黑德;菲利普·T·歐道克哈尼安;丹尼爾·R·薩洛蒙
• 申請（專利權）人: 斯克利普斯研究所
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12P19/34;G06F19/18
• 代理公司: 北京安信方達知識產(chǎn)權代理有限公司 11262
• 代理人: 鄭霞

1.一種產(chǎn)生標記的核酸文庫的方法，其包括以下步驟：

使來源于第一隨機寡核苷酸群體的第一寡核苷酸與文庫模板退火；

從退火的第一寡核苷酸群體進行文庫模板指導的核酸延伸；

親和標記第一延伸產(chǎn)物；

終止文庫模板指導的核酸延伸，以產(chǎn)生不確定長度的第一延伸產(chǎn)物的群體；

將來源于第二隨機寡核苷酸群體的第二寡核苷酸序列添加到第一延伸產(chǎn)物的3’端附近；

使得產(chǎn)生核酸分子的標記的文庫，其包含各自獨立地包含第一寡核苷酸序列、模板衍生的不確定長度的核酸序列和第二寡核苷酸序列的核酸，

其中所述模板衍生的核酸序列為至少200bp。

2.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述文庫模板指導的核酸延伸包括向所述第一延伸產(chǎn)物中引入親和標簽。

3.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述終止文庫模板指導的核酸延伸包括引入ddNTP。

4.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述終止文庫模板指導的核酸延伸包括引入包含親和標簽的ddNTP。

5.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述終止文庫模板指導的核酸延伸包括引入生物素標記的ddNTP。

6.根據(jù)權利要求1所述的方法，其包括親和純化所述第一延伸產(chǎn)物。

7.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述將第二寡核苷酸序列添加到第一延伸產(chǎn)物的3’端附近包括：

使包含所述第二寡核苷酸序列的寡核苷酸群體與所述第一延伸產(chǎn)物退火；以及

使所獲得的組合物與包含具有鏈置換活性的DNA聚合酶的核酸延伸混合物接觸，以形成與第一延伸產(chǎn)物退火的第二延伸產(chǎn)物。

8.根據(jù)權利要求1所述的方法，其包括對所述標記的文庫的至少一個成員進行測序。

9.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述文庫模板包含基因組DNA。

10.根據(jù)權利要求1所述的方法，其中所述文庫模板包含信使RNA。

11.根據(jù)權利要求10所述的方法，其包括對文庫進行測序。

12.一種將核酸樣品細分為適合測序的文庫成分的方法，所述方法包括以下步驟：

使核酸樣品與隨機寡核苷酸群體、DNA聚合酶、dNTP、適合核酸延伸的緩沖液、親和標簽和核酸鏈延伸終止部分接觸，

提供適合退火和核酸延伸的條件，

使核酸樣品與親和標簽結(jié)合部分接觸，和

將結(jié)合的組分與未結(jié)合的組分分離；

其中結(jié)合的組分包含適合于測序的文庫成分；并且

其中所述結(jié)合的組分包括至少200bp的不確定長度。

13.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述親和標簽是生物素標記的NTP。

14.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述親和標簽是生物素標記的dNTP。

15.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述親和標簽是生物素標記的ddNTP。

16.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述核酸鏈延伸終止部分是生物素標記的ddNTP。

17.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述DNA聚合酶具有鏈置換活性。

18.根據(jù)權利要求12所述的方法，其中所述DNA聚合酶能夠在延伸核酸的3’端引入生物素標記的ddNTP。