[發(fā)明專利]預(yù)測、診斷和治療特發(fā)性肺纖維化的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201380027564.8
• 申請日: 2013-03-14
• 公開（公告）號(hào): CN104334744A
• 公開（公告）日: 2015-02-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: A·R·阿巴斯;J·R·阿羅恩;S·錢德里阿尼;G·賈;N·J·I·盧因-科赫;D·德皮安托
• 申請（專利權(quán)）人: 弗·哈夫曼-拉羅切有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;G01N33/53;A61K38/00;A61K39/395;C07K16/00
• 代理公司: 北京市中咨律師事務(wù)所 11247
• 代理人: 黃革生;林柏楠

1.在患者中預(yù)測或輔助預(yù)測特發(fā)性肺纖維化(IPF)的方法，其包括從所述患者獲得生物樣品，測量所述生物樣品中基因或基因組合的表達(dá)，或由所述基因編碼的蛋白質(zhì)或基因組合編碼的蛋白質(zhì)組合的表達(dá)，其中所述基因或基因組合選自表2、表3、表4或表5中的任一個(gè)，其中所述基因或基因組合提高的表達(dá)水平或所述蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合提高的表達(dá)水平指示與存活中位數(shù)相比縮短的存活的預(yù)測，并且其中所述基因或基因組合降低的表達(dá)水平或所述蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合降低的表達(dá)水平指示與存活中位數(shù)相比增加的存活的預(yù)測。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述基因或基因組合或所述蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自MUCL1、MUC4、MUC20、PRR7、PRR15、SPRR1B、SPRR2D、KRT5、KRT6B、KRT13、KRT14、KRT15、KRT17、SERPINB3、SERPINB4、SERPINB5、SERPINB13、CLCA2、TRPV4、BBS5、MMP3和SAA4。

3.權(quán)利要求1的方法，其中所述基因或基因組合選自CXCR3、CXCR5、CXCL13、CCR6、CCR7、CD19、MS4A1(CD20)、BLK、BLNK、FCRLA、FCRL2、FCRL5、CD79A、CD79B、CD27、CD28、CD1A、CD1B、CD1C、CD1E、IGHV1-69、IGLJ3、IGJ、IGHV3-48、IGLV3-21、IGKV1-5、IGHG1、IGKC、IGLV6-57、IGK@、IGHA1、IGKV2-24、IGKV1D-8和IGHM。

4.權(quán)利要求1的方法，其中所述基因或基因組合或蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自COL1A1、COL1A2、COL5A2、COL12A1、COL14A1、COL15A1、COL16A1、COL18A1、CTHRC1、HGF、IGFBP7、SCGF(CLEC11A)、LOXL1、LOXL2；GLI1、GLI2、SMO、SFRP2、DIO2、CDH11、POSTN和TGFB3。

5.權(quán)利要求1的方法，其中所述基因或基因組合或蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自CHI3L1(YKL-40)、CCL11、CCL13、CCL17、CCL18、COMP、CXCL13、MMP3、MMP7、SAA4(組成型SAA)、POSTN和AND?SPP1(OPN)。

6.權(quán)利要求5的方法，其中所述基因或基因組合或蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自MMP3和SAA4(組成型SAA)。

7.權(quán)利要求5的方法，其中所述基因或基因組合或蛋白質(zhì)或蛋白質(zhì)組合選自YKL-40和CCL18。

8.權(quán)利要求5的方法，其包括測量CXCL13的表達(dá)水平。

9.權(quán)利要求5的方法，其包括測量MMP3的表達(dá)水平。

10.權(quán)利要求5的方法，其包括測量SAA4(組成型SAA)的表達(dá)水平。

11.權(quán)利要求5的方法，其中所述患者正進(jìn)行免疫調(diào)節(jié)治療。

12.權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)的方法，其中所述生物樣品選自肺組織、血清和血漿。

13.在患者中預(yù)測或輔助預(yù)測IPF的方法，其包括從所述患者獲得生物樣品，并測定總基線生物標(biāo)志得分，

其中所述總基線生物標(biāo)志得分的測定包括測量CXCL13、OPN和COMP中至少一個(gè)的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果所述表達(dá)水平分別低于CXCL13、OPN和COMP的中位數(shù)，則指定0的得分，如果所述表達(dá)水平分別高于CXCL13、OPN和COMP的中位數(shù)，則指定1的得分，其中所述總基線生物標(biāo)志得分的測定進(jìn)一步包括測量YKL-40的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，如果所述表達(dá)水平低于YKL-40的中位數(shù)，則指定0的得分，如果所述表達(dá)水平高于YKL-40的中位數(shù)，則指定1的得分，并且其中所述總基線生物標(biāo)志得分的測定進(jìn)一步包括將每一單個(gè)得分相加來獲得總基線生物標(biāo)志得分，

其中2或2以上的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比縮短的存活的預(yù)測，并且其中0或1的總基線生物標(biāo)志得分指示與存活中位數(shù)相比增加的存活的預(yù)測。