[發明專利]多核苷酸引物

有效

• 申請號: 201310752245.5
• 申請日: 2008-09-29
• 公開（公告）號: CN103952466A
• 公開（公告）日: 2014-07-30
• 發明（設計）人: R·寶德;J·弗格遜;P·F·帕維托;N·J·德爾威爾;D·懷特科比
• 申請（專利權）人: 凱杰曼徹斯特有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 余穎

本申請是國際申請PCT/GB2008/003306，國際申請日2008年9月29日，中國國家階段申請號200880110038.7的發明專利申請的分案申請。

技術領域

本發明涉及多核苷酸、含有多核苷酸的試劑盒，以及在基因中檢測突變存在與否的方法。

背景技術

磷酯酰肌醇3-激酶(PI3K)是參與細胞信號傳遞的一大類脂質激酶。PI3K-AKT途徑在許多類腫瘤中被激活，導致細胞生長、增殖和存活異常(補充的1篇近期綜述)。近來，在人癌癥中鑒定出了1A型PI3K(PI3KCA)催化亞基中的突變[1]。這些突變在致癌作用中的確切作用仍然并沒有被明確確定，但隨著許多靶向PI3K抑制劑的開發，突變檢測對于患者篩選來說變得日益重要。這些突變的檢測中的技術難題來自于可能只包含少量突變序列的腫瘤活組織切片的限制。另外，從石蠟包埋組織提取的DNA常常已被降解且質量很差。測序檢測所需要的突變DNA的最低水平是15-25%，因此對于開發能在異源樣品中檢測少量突變的等位基因的靈敏的檢測法以及進行所述檢測法所需的產品具有迫切的需求。

本發明試圖滿足該需求。

發明內容

本發明提供了對腫瘤引起的PIK3CA突變的靈敏耐用的檢測法。

根據本發明的一個方面，提供了一種多核苷酸，其含有下列引物序列之一的至少最后6個核苷酸：SEQ.ID?NO.3-16,18,20-33,35或37-39，或其互補序列。也就是說，所述多核苷酸含有下列引物序列之一3’末端的至少6個核苷酸：SEQ.ID?NO.3-16,18,20-33,35或37-39，或其互補序列。

優選地，所述多核苷酸包含下列引物序列之一、或其互補序列、或與其具有80%、90%、95%或99%序列一致性的序列3’末端8、10、12、14、17、18或20個核苷酸或整個序列的至少75%的核苷酸：SEQ?ID?NO.3-16、18、20-33、35或37-39。

在本發明的一些實施方式中，提供了一種多核苷酸，其包含以下引物序列之一3’末端10個核苷酸的至少75%的核苷酸：SEQ.ID?NO.3-16、18、20-33、35或37-39，或其互補序列。

通常，所述多核苷酸短于100個核苷酸，優選短于80個核苷酸，更優選短于60個核苷酸，更優選短于40個核苷酸，更優選短于30個核苷酸。

優選地，所述多核苷酸還含有淬滅基團和熒光團。

通常，所述淬滅基團和熒光團由含有第一和第二區域的核苷酸尾序列隔開，其中所述第一區域的核苷酸與第二區域的核苷酸互補但呈反向，從而所述第一區域與第二區域的雜交導致所述淬滅基團與所述熒光團足夠靠近，以淬滅所述熒光團。

優選地，所述尾序列還含有第三區域，其具有與PIK3CA基因的一個區域互補的序列。

優選地，所述多核苷酸含有SEQ?ID?NO:18的3’末端的至少6個核苷酸，并且所述尾序列含有SEQ.ID?NO.17。

或者，所述多核苷酸含有SEQ?ID?NO:35的3’末端至少最后的核苷酸，并且所述尾序列含有SEQ.ID?NO.34。

或者，所述多核苷酸含有SEQ?ID?NO:39的3’末端至少最后的核苷酸，并且所述尾序列含有SEQ.ID?NO.38。

通常，所述淬滅基團含有Dabcyl。

優選地，所述熒光團含有Hex,Fam或Rox。

根據本發明的另一個方面，提供了一種含有本發明的至少兩種多核苷酸的試劑盒。

優選地，所述試劑盒含有包含SEQ?ID?NO.18的多核苷酸和包含SEQ?ID?NO.3-16之一的多核苷酸;或含有包含SEQ?ID?NO.35的多核苷酸和包含SEQ?ID?NO.20-33之一的多核苷酸;或含有包含SEQ?ID?NO.39的多核苷酸和包含SEQ?ID?NO.37的多核苷酸。

通常，所述試劑盒還含有核苷三磷酸，聚合酶和/或緩沖液。

根據本發明的另一個方面，提供了將本發明所述的多核苷酸或試劑盒，或含有SEQ.ID?NO.3-16,18,20-33或35或其互補序列3’末端6個核苷酸中的4或5個的多核苷酸用于檢測含有PIK3CA基因的至少一個片段的核酸樣品中的突變的用途。