[發(fā)明專利]新型微RNA篩選方法、驗證系統(tǒng)及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310153531.X
• 申請日: 2013-04-27
• 公開（公告）號: CN104123480B
• 公開（公告）日: 2017-03-08
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 荊清;李湘麒;李粵
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院
• 主分類號: G06F19/28
• 分類號: G06F19/28;C12Q1/68;C12N15/113
• 代理公司: 上海一平知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司31266
• 代理人: 祝蓮君,雷芳

1.一種構(gòu)建用于hetRNA篩選的數(shù)據(jù)庫的方法，其特征在于，所述方法包括：

(a)提供一微小RNA深度測序數(shù)據(jù)庫，

其中所述微小RNA測序數(shù)據(jù)庫中的各RNA序列記為RNAj0，其中RNAj0表示序號為j0的RNA序列，j0為1-n0的正整數(shù)，n0為所述微小數(shù)據(jù)庫中的RNA序列總數(shù)，并且RNAj0是未能與基因組序列匹配的微小RNA，并且所述微小RNA測序數(shù)據(jù)庫不包括已驗證或證實的hetRNA和已知小RNA的RNA序列；

(b)將所述微小RNA測序數(shù)據(jù)庫中的各RNA序列RNAj0，與標準RNA(reference?RNA或RefSeq?RNA)數(shù)據(jù)庫進行比對，從而在所述標準RNA數(shù)據(jù)庫中排除與各RNA序列RNAj0不匹配的標準RNA序列，并選取標準RNA數(shù)據(jù)庫中與RNAj0匹配的標準RNA，并將對應(yīng)于該匹配的標準RNA的截短序列組成一級RNA篩選庫(匹配的RNAj0被稱為起始微RNA)，其中，所述標準RNA的截短序列的結(jié)構(gòu)如式I所示：

X-SEQ_RNAj0-Y??(I)

式中，

SEQ_RNAj0為相匹配的RNAj0的核苷酸序列；

X為所述標準RNA中位于所述RNAj0直接上游的長度為50-100bp的核苷酸序列；

Y為所述標準RNA中位于所述RNAj0直接下游的長度為50-100bp的核苷酸序列；

“-”為連接X和SEQ_RNAj0以及連接SEQ_RNAj0和Y的鍵；

其中所述一級RNA篩選庫所含有的各標準RNA的截短序列記為RNAj1，其中，RNAj1表示序號為j1的標準RNA的截短序列，其中j1為1-n1的正整數(shù)，n1為一級RNA篩選庫中的RNA序列總數(shù)；

(c)將所述一級篩選庫中的RNAj1，與基因組序列數(shù)據(jù)庫進行比對，從而排除不含有內(nèi)含子的RNA序列，并且選取內(nèi)含子要位于成熟微RNA序列之中的RNA序列，組成二級RNA篩選庫，

其中所述二級RNA篩選庫所含有的各RNA記為RNAj2，其中，RNAj2表示序號為j2的RNA序列，其中j2為1-n2的正整數(shù)，n2為二級RNA篩選庫中的RNA序列總數(shù)；

(d)將所述二級篩選庫中的RNAj2序列進行二級結(jié)構(gòu)分析，進行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，排除無法形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)的RNA序列，并將所述二級篩選庫中可形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)的RNA序列組成三級RNA篩選庫，即用于hetRNA篩選的數(shù)據(jù)庫，

其中，所述三級RNA篩選庫所含有的各RNA記為RNAj3，RNAj3表示序號為j3的RNA序列，其中j3為1-n3的正整數(shù)，n3為三級RNA篩選庫中的RNA序列總數(shù)。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述的微小RNA測序數(shù)據(jù)庫中的RNA序列長度為18-30nt。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟(d)中還包括：將所述微小RNA測序數(shù)據(jù)庫中對應(yīng)于RNAj0的各RNA序列組成相應(yīng)的成熟hetRNA庫。