[發明專利]原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法和應用

有效

• 申請號: 201310076687.2
• 申請日: 2013-03-11
• 公開（公告）號: CN104046679A
• 公開（公告）日: 2014-09-17
• 發明（設計）人: 戴勇;譚奎璧
• 申請（專利權）人: 戴勇;譚奎璧
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M1/00
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 何平

1.一種原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法，其特征在于，包括如下步驟：

采集原發性IgA腎病患者和正常組的腎臟組織的細胞總RNA，用15%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離純化出18～30nt長度的小RNA分子，將分離出的小RNA分子經反轉錄處理后形成cDNA片段，再對形成的cDNA片段的兩端加上接頭序列，經RT-PCR擴增后形成RNA文庫；

對構建的所述RNA文庫進行測序，然后對測序所得的序列進行去接頭、去污染處理得到干凈的小RNA分子序列并對所得的序列進行長度分布分析，去除重復序列、rRNA、tRNA、mRNA降解片段、scRNA、snoRNA、snRNA及piRNA，將剩余的序列與miRNA數據庫中人miRNA序列進行比對分析，獲得原發性IgA腎病患者和正常組的已知miRNA的表達量信息；以及將原發性IgA腎病患者和正常組中表達的已知miRNA的表達量歸一化到同一量級，歸一化公式為：歸一化表達量=miRNA表達量/樣品總表達量*10⁶，使用Audic?and?Claverie?test的統計方法比較原發性IgA腎病患者和正常組的miRNA表達差異，得到所述原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA。

2.如權利要求1所述的原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法，其特征在于，所述對構建的所述RNA文庫進行測序是使用Illumina?HiSeq^TM2000測序儀對構建的所述RNA文庫進行深度測序。

3.如權利要求1所述的原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法，其特征在于，所述去除重復序列、rRNA、tRNA、mRNA降解片段、scRNA、snoRNA、snRNA及piRNA是使用SOAP2.0軟件將得到的所述干凈的小RNA序列與repeatmarker、Genebank、Rfam、UCSC和piRNA數據庫中的RNA序列進行比對分類處理。

4.如權利要求1所述的原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法，其特征在于，所述miRNA數據庫是miRBase18.0。

5.如權利要求1所述的原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法，其特征在于，所述使用Audic?and?Claverie?test的統計方法比較原發性IgA腎病患者和正常組的miRNA表達差異過程中，選擇對歸一化處理后在任一組中表達量不小于10TPM的miRNA，若該miRNA在兩組之間的倍比值不小于2且P值小于0.001，則該miRNA在原發性IgA腎病患者和正常組中差異表達。

6.一種高通量測序平臺，其特征在于，所述測序平臺上固定有如權利要求1-5中任一項所述的原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA的分析方法得到的所述原發性IgA腎病腎臟組織差異表達miRNA。