[發明專利]一種單核苷酸多態性分析方法

無效

• 申請號: 201310062203.9
• 申請日: 2013-02-27
• 公開（公告）號: CN104004821A
• 公開（公告）日: 2014-08-27
• 發明（設計）人: 郭安亮;姚見兒;王方金;劉榴
• 申請（專利權）人: 上海透景生命科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陳靜

1.一種基于等位基因特異性擴增的SNP檢測方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)以待測基因為模板，以針對SNP位點的特異性引物以及與特異性引物配對的外圍引物為引物，以Taq?DNA聚合酶進行PCR擴增；

其中，所述的針對SNP位點的特異性引物包括：針對野生型等位基因位點的內引物1，以其3’末端堿基起算第1-3位的堿基與野生型SNP位點堿基匹配；針對突變型等位基因位點的內引物2，以其3’末端堿基起算第1-3位的堿基與突變型SNP位點堿基匹配而；

所述的外圍引物是遠離SNP位點的引物，包括：與內引物1構成引物對的外圍引物1，與內引物2構成引物對的外圍引物2；

并且，控制外圍引物1和外圍引物2的擴增效率使之比內引物1和內引物2的擴增效率低；使外圍引物1和外圍引物2之間不形成擴增產物；

(2)分析PCR擴增產物，確定待測樣品中待測基因的SNP類型。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(1)中，控制擴增效率的方法是：控制外圍引物1的Tm值，使之比內引物1的Tm值低1-8℃；控制外圍引物2的Tm值，使之比內引物2的Tm值低1-8℃。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(1)中，控制擴增效率的方法是：控制外圍引物1濃度使之比內引物1的濃度低5-20倍；控制外圍引物2濃度使之比內引物2的濃度低5-20倍。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的內引物1和/或內引物2中，以其3’末端堿基起算，第2-6個堿基處設置一與待測基因模板不匹配的堿基；和/或

所述的內引物2中，以其3’末端堿基起算，第2-6個堿基處設置一與待測基因模板不匹配的堿基。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(2)中，確定待測樣品中待測基因的SNP類型的方法如下：

如生成單一的型特異性PCR產物，則判斷為野生型基因或突變型基因；

如同時生成兩種型特異性PCR產物，則判斷為雜合型基因。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(2)中，采用熔解曲線分析的方法分析PCR擴增產物。

7.如權利要求5所述的方法，其特征在于，以待測基因為模板，調整外圍引物1和外圍引物2的位置，使得內引物1和外圍引物1擴增產物的熔解溫度與內引物2和外圍引物2的擴增產物的熔解溫度差異顯著。

8.如權利要求7所述的方法，其特征在于，所述的熔解溫度差異顯著是應用熔解曲線分析儀器足夠區分的差異。

9.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的內引物1或內引物2的長度為10-60bp。

10.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的外圍引物1或外圍引物2的長度為10-60bp。