[發(fā)明專利]用于高通量識(shí)別新型殺蟲組合物的整合的方法及其用途

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201280048598.0
• 申請(qǐng)日: 2012-08-17
• 公開（公告）號(hào): CN103946393A
• 公開（公告）日: 2014-07-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: C·J·格冉德里;T·理查森;J·S·科瑞衛(wèi);A·施瓦茲
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 合成基因組股份有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C07H21/04;C07K1/00
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 趙蓉民;張全信

1.一種識(shí)別編碼生物毒素的核酸序列的方法，所述方法包括：

生成來自多種微生物分離株的染色體外DNA分子的混合群體；

建立宏基因組序列數(shù)據(jù)集，所述宏基因組序列數(shù)據(jù)集包括來源于所述染色體外DNA分子的混合群體的核酸序列；

處理所述宏基因組序列數(shù)據(jù)集的序列數(shù)據(jù)以定義至少一個(gè)核酸序列重疊群；以及

通過比較步驟(c)的所述至少一個(gè)核酸序列重疊群與已知生物毒素序列來識(shí)別編碼生物毒素的核酸序列。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法進(jìn)一步包括測(cè)定所述微生物分離株的系統(tǒng)分類的步驟。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中預(yù)選所述多種微生物分離株產(chǎn)生至少一種生物毒素的能力。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法進(jìn)一步包括測(cè)定由所述步驟(d)識(shí)別的所述核酸序列是否編碼新型生物毒素的步驟，其中經(jīng)識(shí)別的所述新型毒素的核酸序列與任何已知生物毒素序列具有小于30%序列同一性。

5.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述多種微生物分離株包含至少12種微生物分離株。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述微生物分離株的至少一種為細(xì)菌。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中所述細(xì)菌具有選自以下的種屬：芽孢桿菌屬、短芽孢桿菌屬、梭菌屬、類芽孢桿菌屬、光桿狀菌屬、假單胞菌屬、沙雷氏菌屬、鏈霉菌屬、和致病桿菌屬。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中通過排除分子克隆的直接測(cè)序工序來生成所述宏基因組序列數(shù)據(jù)集。

9.一種分離的核酸分子，其包含通過權(quán)利要求1-8中任一項(xiàng)所述的方法識(shí)別的核酸序列。

10.一種分離的核酸分子，其包含：

在高嚴(yán)格性的條件下與在序列表中任意一個(gè)核苷酸序列雜交的核酸序列、其補(bǔ)體或它們?nèi)我徽叩钠危换蛘?!-- SIPO -->

表現(xiàn)出與在序列表中任意一個(gè)氨基酸序列的70%或更大序列同一性的核酸序列、其補(bǔ)體或它們?nèi)我徽叩钠危换蛘?/p>

編碼表現(xiàn)出與在序列表中任意一個(gè)氨基酸序列的50%或更大序列同一性的氨基酸序列的核酸序列。

11.一種包含根據(jù)權(quán)利要求10所述的核酸分子的核酸構(gòu)建體，其中所述核酸分子可操作連接異源性核酸。

12.一種包含根據(jù)權(quán)利要求11所述的核酸構(gòu)建體的宿主細(xì)胞。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的宿主細(xì)胞，其中所述宿主細(xì)胞是植物細(xì)胞或微生物細(xì)胞。

14.一種包含根據(jù)權(quán)利要求12所述的宿主細(xì)胞的宿主有機(jī)體。

15.一種來源于根據(jù)權(quán)利要求14所述的宿主有機(jī)體的生物樣品或子代。

16.一種賦予有機(jī)體殺蟲活性的方法，所述方法包括引入根據(jù)權(quán)利要求10所述的核酸分子至所述有機(jī)體，其中將所述核酸分子轉(zhuǎn)錄，從而導(dǎo)致如與對(duì)照有機(jī)體相比，所述有機(jī)體對(duì)害蟲的抵抗性增加。

17.一種分離的多肽，其中所述多肽通過核酸分子來編碼，所述核酸分子包含：

在高嚴(yán)格性的條件下與在序列表中任意一個(gè)核苷酸序列雜交的核酸序列、其補(bǔ)體或它們?nèi)我徽叩钠危换蛘?/p>

表現(xiàn)出與在序列表中任意一個(gè)氨基酸序列的70%或更大序列同一性的核酸序列、其補(bǔ)體或它們?nèi)我徽叩钠危换蛘?/p>

編碼表現(xiàn)出與在序列表中任意一個(gè)氨基酸序列的50%或更大序列同一性的氨基酸序列的核酸序列。

18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的多肽，其中所述多肽具有殺蟲活性。

19.一種包含根據(jù)權(quán)利要求18所述的多肽的組合物。

20.一種控制害蟲的方法，所述方法包括使所述害蟲接觸或進(jìn)食所述殺蟲有效量的根據(jù)權(quán)利要求18所述的多肽。