[發明專利]一種預測強直性脊柱炎易感性的方法和試劑

無效

• 申請號: 201210595241.6
• 申請日: 2012-12-31
• 公開（公告）號: CN103205488A
• 公開（公告）日: 2013-07-17
• 發明（設計）人: 楊澤;楊帆;朱小泉;周林;史曉紅;唐雷;孫亮
• 申請（專利權）人: 衛生部北京醫院
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;A61K48/00;A61P29/00;A61P19/00
• 代理公司: 北京正理專利代理有限公司 11257
• 代理人: 李欣

技術領域

本發明涉及一種預測強直性脊柱炎易感性的方法和試劑，更具體的說是通過測定與強直性脊柱炎相關基因AIF1的多態性預測受試者對于強直性脊柱炎的易感性，該方法可用于疾病的輔助診斷和新藥開發，屬于生物技術領域。

背景技術

強直性脊柱炎(Ankylosing?spondylitis，AS)是一種自身免疫性疾病，多發于16-40歲的青壯年，男女患病比例約為4～10∶1。病變常首先發生于骶髂關節，少數重癥患者表現為整個脊柱強直。此外，部分患者伴有不同程度的髖關節、眼、肺、心血管、腎等脊柱外病變。AS在白種人群中的發病率約為1％～3％，我國AS患病率約為0.2-0.6％，其中60％以上的患者伴有髖關節受累，致使20％以上AS患者殘疾，炎癥主要累及關節囊、肌腱和韌帶的骨附著點，導致局部關節粘連強直，活動受限。臨床上至今尚缺乏可明顯緩解和控制疾病發展的藥物。AS屬多基因疾病，具有明顯的遺傳傾向，雖然通常認為遺傳與免疫因素在AS發病中起主導作用，但確切的病因與發病機制仍不清楚。

目前進行AS遺傳病因研究，多采用SNP作為基因組標志的關聯分析方法，是有效的，已得到證明。SNP是指染色體基因組水平上單個核苷酸變異引起的DNA序列多態性，在人群中的頻率需＞1％，SNPs是雙等位基因標記，這種單堿基變化中有70.1％為同型堿基之間的轉換：如G/A或T/C，29.1％為發生在嘌呤和嘧啶之間的顛換。C(胞嘧啶)是人類基因組中最易發生變化的位點，因為大多數是甲基化胞嘧啶，能夠自發脫氨基轉換為T(胸腺嘧啶)，SNP包含了已知多態性的80-90％，是最常見的遺傳變異。

由于生存的選擇壓力導致SNP在單一基因和整個基因組中的分布呈不均勻性。SNPs在基因非編碼區的數量是編碼區的4倍，總數可達3百萬個。SNP以其密度高(平均每1kb就有1個)、代表性強(位于基因內部的SNP可能直接影響蛋白質結構或表達水平)、遺傳穩定性好(同微衛星多態性比較而言)、易于自動化分析(因SNP在人群中多為雙等位基因標記，可簡單以“+/-或1/0”直接分型)等特點成為很好的遺傳標志。

1973年，Brewerton等首先發現了與AS強相關的人類白細胞抗原-B27(HLA-B27)。隨著研究的進展，與AS相關的其他易感基因如腫瘤壞死因子-α(TNF-α)、白介素-1(IL-1)陸續被識別。

AIF1(同種異體移植炎癥因子-1，Allograft?Inflammatory?Factor?1)基因位于6q21.3，全長1692bp，含有4個外顯子，其編碼產物是一種激素樣細胞因子，分子量為17kDa，含146個氨基酸殘基，N端被乙酰化，主要由激活的巨噬細胞和T淋巴細胞表達、分泌，基因定位于人類白細胞抗原III區域，與器官移植排斥反應、自身性免疫疾病及腫瘤的發生發展等密切相關。

目前尚無任何關于AIF1基因與自身免疫性疾病之間相關聯的報道，亦未見AIF1基因與AS相關聯的研究結果。

發明內容

本發明的主要目的是提供一種檢測強直性脊柱炎易感性基因的方法。

本發明的第二個目的是提供一種檢測強直性脊柱炎易感性基因的試劑，包括PCR引物和含有該引物的試劑盒。

為實現上述目的，本發明采用以下技術方案：

一種檢測強直性脊柱炎易感性的核苷酸序列，為序列表SEQ?ID?No.1所示核苷酸序列。

所述核苷酸序列為AIF1基因第2內含子區包含+879位單核苷酸多態性位點的核苷酸片段。+879位為變異位點，以字母“Y”標示出。該核酸序列為AIF1基因全長序列。圖1為AIF1基因結構及其多態性變異位點的示意圖，附圖中包含有4個外顯子，+879位點標在AIF1基因圖中第2內含子區的相應位置。

所述+879位單核苷酸多態性位點的基因型為CC時，強直性脊柱炎易感性最低；含T等位基因時，即基因型為CT或TT時，強直性脊柱炎易感性較高。

一組檢測強直性脊柱炎易感性的引物，能擴增得到AIF1基因第2內含子區包含+879位單核苷酸多態性位點的核苷酸片段。

所述引物的核苷酸序列分別為序列表SEQ?ID?No.2和序列表SEQ?ID?No.3所示。

一種強直性脊柱炎易感性基因的檢測方法，包括如下步驟：

(1)抽提樣品的基因組DNA，擴增AIF1基因第2內含子區包含+879位單核苷酸多態性位點的核苷酸片段；