[發明專利]引物及該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法

有效

• 申請號: 201210574584.4
• 申請日: 2012-12-26
• 公開（公告）號: CN103013993A
• 公開（公告）日: 2013-04-03
• 發明（設計）人: 郝瑋;陳然;張聰;李金歡;李小青;周蕊;梁超;韓韜;黃士昂;涂贊兵;陳忠;方國偉
• 申請（專利權）人: 武漢康圣達醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 北京聯瑞聯豐知識產權代理事務所(普通合伙) 11411
• 代理人: 鄭自群

1.引物，包括擴增引物和延伸引物，其特征在于：

所述的擴增引物序列如下：

SEQ?ID?NO:15’-ACGTTGGATGAACTGAGCAAGAGGCTTTGG-3’

SEQ?ID?NO:25’-ACGTTGGATGTCCATTTTTGTTGTCCAGCC-3’

SEQ?ID?NO:35’-ACGTTGGATGGCAATTTCTACACGAGATCC-3’

SEQ?ID?NO:45’-ACGTTGGATGTGTGACTCCATAGAAAATC-3’

SEQ?ID?NO:55’-ACGTTGGATGGCAATTTCTACACGAGATCC-3’

SEQ?ID?NO:65’-ACGTTGGATGTGTGACTCCATAGAAAATC-3’

S?EQ?I?D?NO:75’-ACGTTGGATGAACTGAGCAAGAGGCTTTGG-3’

SEQ?ID?NO:85’-ACGTTGGATGTCCATTTTTGTTGTCCAGCC-3’；

所述的延伸引物序列如下：

SEQ?ID?NO:95’-TCCAGCCACCATGAT-3’

SEQ?ID?NO:105’-CCTCTCTCTGAAATCACT-3’

SEQ?ID?NO:115’-CACGAGATCCTCTCTCT-3’

SEQ?ID?NO:125’-GAAACAAATGAATGATGCAC-3’。

2.根據權利要求1所述的引物，其特征在于：所述的引物是具有SEQ?ID?NO:1至SEQ?ID?NO:12任一項所示序列的核苷酸序列。

3.根據權利要求1、2所述該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法，其特征在于：包括如下步驟：

⑴、確定PIK3CA熱點突變在基因序列中的位置；

⑵、根據突變位點及其兩端的序列設計用于擴增反應的引物對和用于延伸反應的引物；

⑶、使用擴增引物對進行擴增反應以獲得包含突變位點及其兩端序列的擴增產物；

⑷、使用SAP酶處理擴增產物，去除殘留在反應體系中多余的脫氧核苷酸；

⑸、使用延伸引物進行延伸反應；

⑹、然后使用樹脂純化延伸產物；

⑺、將延伸產物轉移到芯片上；

⑻、將芯片放置于質譜儀中，運行程序進行檢測；

⑼、讀取并分析檢測數據，確認樣本PIK3CA基因目的位點的基因型。

4.根據權利要求3所述該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法，其特征在于：所述步驟⑴熱點突變定位于PIK3CA基因的第542位、545位、1047位密碼子中的一種或幾種；所述步驟⑵擴增反應所使用的擴增引物包括SEQ?IDNO:1至SEQ?ID?NO:8所示序列中的一對組合或多對組合；所述步驟⑵延伸引物包括SEQ?ID?NO:9至SEQ?ID?NO:12所示序列中的一條或多條。

5.根據權利要求4所述該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法，其特征在于：所述第542位密碼子熱點突變發生在此密碼子的第一位堿基上，為錯義突變，擴增引物為SEQ?ID?NO:1和SEQ?ID?NO:2，延伸引物為SEQ?ID?NO:9。

6.根據權利要求4所述該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法，其特征在于：所述第545位密碼子熱點突變發生在此密碼子的第一位堿基上，為錯義突變，擴增引物為SEQ?ID?NO:3和SEQ?ID?NO:4，延伸引物為SEQ?ID?NO:10。

7.根據權利要求4所述該引物質譜檢測PIK3CA基因熱點突變的方法，其特征在于：所述第1047位密碼子熱點突變發生在此密碼子的第一位堿基和第二位堿基上，均為錯義突變，擴增引物分別為SEQ?ID?NO:5和SEQ?ID?NO:6的組合以及SEQ?ID?NO:7和SEQ?ID?NO:8的組合，延伸引物分別為SEQ?ID?NO:11和SEQ?ID?NO:12。