[發明專利]一種ATM基因突變檢測特異性引物和液相芯片

有效

• 申請號: 201110299855.5
• 申請日: 2011-09-30
• 公開（公告）號: CN103031365A
• 公開（公告）日: 2013-04-10
• 發明（設計）人: 許嘉森;郭靖;甘丹翠
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;G01N21/64
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種ATM基因突變檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

毛細血管擴張性共濟失調癥突變基因(ataxia-telangiectasia?mutated，ATM)是導致毛細血管擴張性共濟失調癥發生的致病基因，ATM基因是一個重要的信號傳感器，在DNA損傷修復過程中，ATM作為識別因子檢測到損傷的DNA，并通過將目標蛋白磷酸化從而修復DNA雙鏈的斷裂。

ATM基因位于染色體11q22.3，長度為150kb，具有66個外顯子，第4外顯子為第一個編碼外顯子。ATM蛋白是ATM基因編碼的一種磷酸化的大分子核磷蛋白，含有3056個氨基酸。有研究表明，ATM基因突變與腫瘤的發生密切相關。

目前，對ATM基因突變進行檢測和分析的方法很少，主要有直接測序法和PCR-RFLP分析法，其中最常用的方法有PCR-RFLP分析法。PCR-RFLP法是基于基因突變造成的限制性內切酶識別位點的改變，如位點丟失或產生新位點，通過PCR擴增某一特定片段，再用限制性內切酶酶切擴增產物，電泳觀察片段的大小，這種方法用于檢測酶切位點改變的基因突變，可直接判斷基因型，但該法不能用于沒有產生新酶切位點的基因突變檢測。再次，以上這些方法都存在著檢測通量的局限性，每次只能檢測一種突變類型，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供ATM基因突變檢測液相芯片，該液相芯片可用于單獨或并行檢測ATM基因六種常見基因型T2572C、A7325C、G7328A、C9022T、G9023A和C9139T的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種ATM基因突變檢測液相芯片，包括有：

(A).針對ATM基因不同突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為：針對T2572C位點的SEQ?ID?NO.13及SEQ?ID?NO.14；針對A7325C位點的SEQ?ID?NO.15及SEQ?ID?NO.16；針對G7328A位點的SEQ?ID?NO.17及SEQ?ID?NO.18；針對C9022T位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20；針對G9023A位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?ID?NO.22；和/或針對C9139T位點的SEQ?ID?NO.23及SEQ?ID?NO.24；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.12；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.25～SEQ?ID?NO.36，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應突變位點的目標序列的引物。

優選地，所述擴增引物為：針對T2572C位點的SEQ?ID?NO.37及SEQ?ID?NO.38；針對A7325C、G7328A位點的SEQ?ID?NO.39及SEQ?ID?NO.40；和/或針對C9022T、G9023A、C9139T位點的SEQ?ID?NO.41及SEQ?ID?NO.42。