[發(fā)明專利]低甲基化基因PRDM16的應(yīng)用方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201110296236.0
• 申請(qǐng)日: 2011-09-29
• 公開（公告）號(hào): CN102329871A
• 公開（公告）日: 2012-01-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 武明花;劉曉萍;李桂源;唐海林;王澤友;余志斌;卞艷慧
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中南大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 長沙市融智專利事務(wù)所 43114
• 代理人: 袁靖

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及低甲基化基因PRDM16在制備腦膠質(zhì)瘤病人預(yù)后預(yù)測(cè)試劑中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

在腫瘤的發(fā)生/發(fā)展過程中DNA甲基化譜式發(fā)生明顯改變，表現(xiàn)為全基因組的低甲基化以及某些特定基因啟動(dòng)子區(qū)CpG島的高甲基化，進(jìn)來的大量研究顯示多種腫瘤中也存在單拷貝基因與重復(fù)序列的低甲基化，并且低甲基化在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮著非常重要的作用。DNA甲基化變異在腫瘤發(fā)生/發(fā)展過程中作用越來越得到認(rèn)可。隨著對(duì)DNA甲基化認(rèn)識(shí)的深入，人們逐漸認(rèn)識(shí)到DNA異常甲基化可作為生物學(xué)標(biāo)志物用于疾病的診斷和療效及轉(zhuǎn)歸判斷。例如德國的Epigenetics公司開發(fā)的SEPTIN9甲基化已經(jīng)進(jìn)入臨床試驗(yàn)階段。

腦膠質(zhì)瘤是人類中樞神經(jīng)系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤，約占神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的40.49％。其發(fā)生機(jī)制尚不十分明確，大量研究表明表觀遺傳機(jī)制在膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮了重要作用。盡管目前采用手術(shù)治療聯(lián)合化療和放療的方法，膠質(zhì)瘤病人的預(yù)后仍非常差。據(jù)報(bào)道，膠質(zhì)瘤病人的5年生存率低于25％，而膠質(zhì)瘤母細(xì)胞瘤的病人總生存時(shí)間平均為12.3個(gè)月。目前，對(duì)腦膠質(zhì)瘤的預(yù)后判定沒有參考標(biāo)準(zhǔn)，也沒有特異性的指標(biāo)，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能適應(yīng)對(duì)人腦膠質(zhì)瘤進(jìn)行預(yù)后判定的需求。因此，對(duì)人腦膠質(zhì)瘤進(jìn)行預(yù)后判定，以便選擇最佳治療方案，顯著提高患者生存率，一直是科學(xué)研究亟待解決的重要課題。

PRDM16(PR?domain?containing?16)也稱MEL1，定位于1p36.32。GeneBank登錄號(hào)NM_199454。在一部分骨髓異常增生綜合癥(MDS)及急性粒細(xì)胞白血病(AML)患者中發(fā)生t(1；3)(p36；q21)易位，而PRDM16則位于1p36.3斷裂點(diǎn)附近，并且在t(1；3)(p36；q21)陽性的MDS或AML中特異性表達(dá)。該基因編碼的蛋白是一個(gè)具有鋅指結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)錄因子，N端含有PR結(jié)構(gòu)域。染色體易位導(dǎo)致缺乏PR結(jié)構(gòu)域的PRDM16蛋白剪切體在MDS與AML中高表達(dá)，這可能在MDS及AML的發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮重要的作用。有研究表明，PRDM16能與Smad3相互作用。在胃癌細(xì)胞中，PRDM16的高表達(dá)與SKI的高表達(dá)密切相關(guān)，PRDM16與SKI共同抑制轉(zhuǎn)化生長因子-β(TGF-β)信號(hào)通路。但是PRDM16在其他多種腫瘤中作用及機(jī)制尚不清楚。申請(qǐng)人用免疫組織化學(xué)法檢測(cè)PRDM16蛋白在正常腦組織及腦膠質(zhì)瘤組織中的表達(dá)，結(jié)果顯示PRDM16在膠質(zhì)瘤中表達(dá)增加(p＜0.05，圖1)，但是各級(jí)別膠質(zhì)瘤的表達(dá)無差異(p＞0.05)。亞硫酸氫鹽測(cè)序PCR(BSP)結(jié)果表明，PRDM16在膠質(zhì)瘤中發(fā)生低甲基化，其在高級(jí)別膠質(zhì)瘤(III級(jí)、IV級(jí))中的甲基化頻率較低級(jí)別(I級(jí)、II級(jí))病人降低，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p＝0.048)，并且膠質(zhì)瘤I級(jí)患者的瘤組織中PRDM16甲基化頻率高于其他3個(gè)級(jí)別(p＜0.05)，而II級(jí)、III級(jí)與IV級(jí)間甲基化頻率無差異(p＞0.05)。然后用SPSS?13.0軟件對(duì)PRDM16蛋白表達(dá)與PRDM16基因低甲基化進(jìn)行相關(guān)性分析，結(jié)果表明兩者間存在相關(guān)性(p＜0.05)，說明表觀遺傳學(xué)可能參與了PRDM16基因的表達(dá)調(diào)控。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種低甲基化基因PRDM16的應(yīng)用方法，對(duì)于腦膠質(zhì)瘤的預(yù)后預(yù)測(cè)具有重要意義。

低甲基化基因PRDM16用于制備腦膠質(zhì)瘤診斷、預(yù)測(cè)、檢測(cè)或篩查制劑；特別是用于制備腦膠質(zhì)瘤診斷、預(yù)測(cè)、檢測(cè)或篩查的試劑盒。

如：用于制備亞硫酸氫鹽直接測(cè)序法預(yù)測(cè)腦膠質(zhì)瘤的制劑；所述的制劑中包括：根據(jù)PRDM16基因啟動(dòng)子區(qū)CpG島設(shè)計(jì)的，采用亞硫酸氫鹽直接測(cè)序法的引物序列為：

F：5′GGGTTATTTGGGTTTTTTTAAAGT?3′，

R：5′AAAACACTCAATCTAACACCCCTC?3′。

一種用于人腦膠質(zhì)瘤預(yù)后預(yù)測(cè)的PRDM16基因啟動(dòng)子區(qū)甲基化檢測(cè)試劑盒，包括以下引物：

F：5′GGGTTATTTGGGTTTTTTTAAAGT?3′，

R：5′AAAACACTCAATCTAACACCCCTC?3′。