[發(fā)明專利]差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201010293987.2
• 申請(qǐng)日: 2010-09-27
• 公開（公告）號(hào): CN101974623A
• 公開（公告）日: 2011-02-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王軍偉;石鐵流;常暢;何靜
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 華東師范大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;G06F19/00
• 代理公司: 上海麥其知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 31257
• 代理人: 董紅曼

1.一種差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)確定樣本的數(shù)量；所述樣本包括病例組樣本、對(duì)照組樣本、或多總體中每個(gè)總體的樣本；

(2)通過(guò)數(shù)據(jù)讀取單元，從基因芯片中獲取基因表達(dá)值；

(3)先通過(guò)2進(jìn)制-10進(jìn)制數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換單元，再通過(guò)以2為底對(duì)數(shù)的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換單元，將所述基因表達(dá)值轉(zhuǎn)換成矩陣X_i，其中，矩陣X_i是第1到第k次方矩陣，i表示第i個(gè)樣本，x表示數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換后的值，k表示最高原點(diǎn)矩的次數(shù)，w表示獲取樣本的個(gè)數(shù)；

(4)通過(guò)數(shù)據(jù)處理單元進(jìn)行樣本檢驗(yàn)；

A)當(dāng)所述樣本包括病例組樣本和對(duì)照組樣本時(shí)，通過(guò)雙樣本檢驗(yàn)單元進(jìn)行SWang檢驗(yàn)，所述SWang檢驗(yàn)是指其中，n是病例組樣本的數(shù)量，m是對(duì)照組樣本的數(shù)量，k是最高原點(diǎn)矩的次數(shù)，是病例組樣本的基因表達(dá)值轉(zhuǎn)換后的原點(diǎn)矩向量，是對(duì)照組樣本的基因表達(dá)值轉(zhuǎn)換后的原點(diǎn)矩向量，D1是病例組樣本的基因表達(dá)值轉(zhuǎn)換后的從第1次方到第k次方之間離差陣，D2是對(duì)照組樣本的基因表達(dá)值轉(zhuǎn)換后的從第1次方到第k次方之間離差陣；

B)當(dāng)所述樣本僅包括病例組樣本時(shí)，通過(guò)單樣本檢驗(yàn)單元進(jìn)行SWang檢驗(yàn)，所述SWang檢驗(yàn)是指其中，S₀是已知分布的原點(diǎn)矩向量；C)當(dāng)所述樣本為多總體樣本時(shí)，通過(guò)多樣本檢驗(yàn)單元進(jìn)行SWang檢驗(yàn)，所述SWang檢驗(yàn)是指其中，d為多總體的數(shù)量，d_i為各個(gè)總體中的樣本數(shù)量，sd為d個(gè)總體的樣本數(shù)量之和，sd＝d₁+d₂+…+d_p；

(5)通過(guò)分布識(shí)別單元進(jìn)行分析，判斷樣本檢驗(yàn)結(jié)果的分布，從而確定p值；

(6)通過(guò)比較單元得到檢測(cè)結(jié)果，當(dāng)所述p值小于0.05時(shí)，則判斷所述樣本之間的基因表達(dá)值存在差異。

2.如權(quán)利要求1所述差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，所述步驟(2)中基因芯片包括實(shí)驗(yàn)制得的基因芯片。

3.如權(quán)利要求1所述差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，所述步驟(4)中的k值最大為4。

4.如權(quán)利要求1所述差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，所述步驟(5)中樣本檢驗(yàn)結(jié)果是符合F分布或卡方分布。

5.如權(quán)利要求1所述差異表達(dá)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，所述步驟(6)的樣本之間的基因表達(dá)值的差異，可以通過(guò)公共基因數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)發(fā)表的被證實(shí)的基因或?qū)嶒?yàn)來(lái)驗(yàn)證。