[發(fā)明專利]一種鑒定單核苷酸多態(tài)性等位位點比例的方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200910029057.3
• 申請日: 2009-01-16
• 公開（公告）號: CN101481734A
• 公開（公告）日: 2009-07-15
• 發(fā)明（設計）人: 朱斌;楊谷
• 申請（專利權(quán)）人: 蘇州大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N21/64
• 代理公司: 蘇州創(chuàng)元專利商標事務所有限公司
• 代理人: 陶海鋒

1.一種鑒定單核苷酸多態(tài)性等位位點比例的方法，其特征在于包括以下步驟：

(1)制備含待測單核苷酸多態(tài)性的擴增模板，單核苷酸多態(tài)性等位位點中含有2種堿基，根據(jù)其中1種堿基設計擴增所需的上游引物A，上游引物A的5’端最后1位堿基用第1熒光基團修飾；根據(jù)其中另1種堿基設計擴增所需的上游引物B，上游引物B的5’端最后1位堿基用第2熒光基團修飾；根據(jù)單核苷酸多態(tài)性等位位點的位置設計下游引物C，下游引物C共用；上游引物A和上游引物B的3’端最后1位堿基均用硫修飾；

采用3’端堿基特異性聚合酶鏈反應分別擴增出SNP中含2種堿基的核酸片段，反應所用的酶為具有3’-5’外切酶校正活性的高保真聚合酶，擴增完成后，去除含熒光的游離引物，得到含熒光的擴增產(chǎn)物；

所述第1熒光基團和第2熒光基團在光譜中激發(fā)峰的位置互相分離；

(2)利用熒光分光光度計分析含熒光的擴增產(chǎn)物，根據(jù)熒光激發(fā)光譜的位置和強度計算對應擴增產(chǎn)物的種類和比例，判斷單核苷酸多態(tài)性等位位點的比例，判斷規(guī)則如下：

如果在僅第1熒光或第2熒光激發(fā)光譜位置出現(xiàn)單一峰，說明單核苷酸多態(tài)性等位位點純合；

如果在第1熒光和第2熒光激發(fā)光譜位置上出現(xiàn)2個峰，且強度基本相等，說明單核苷酸多態(tài)性等位位點比例為1：1；

如果在第1熒光和第2熒光激發(fā)光譜位置上出現(xiàn)2個峰，2個峰的強度相比為1：n或n：1，說明單核苷酸多態(tài)性等位位點比例為1：n或n：1；其中n＝2、3或4。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定單核苷酸多態(tài)性等位位點比例的方法，其特征在于：

步驟(1)中制備含待測SNP的擴增模板的方法為：提取含待測單核苷酸多態(tài)性的DNA，即為含待測單核苷酸多態(tài)性的擴增模板。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的鑒定單核苷酸多態(tài)性等位位點比例的方法，其特征在于：

步驟(1)中制備含待測SNP的擴增模板的方法為：提取含待測單核苷酸多態(tài)性的RNA，經(jīng)逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，即為含待測單核苷酸多態(tài)性的擴增模板。