[發明專利]基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構－親和性關系分析方法

無效

• 申請號: 200810069918.6
• 申請日: 2008-07-02
• 公開（公告）號: CN101303343A
• 公開（公告）日: 2008-11-12
• 發明（設計）人: 梁桂兆;牛維環;梅虎;楊力;李志良
• 申請（專利權）人: 重慶大學
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48
• 代理公司: 北京同恒源知識產權代理有限公司
• 代理人: 趙榮之

1.一種基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于包括如下步驟：

a)基于因子分析方法，建立氨基酸廣義信息因子分析標度；

b)應用氨基酸廣義信息因子分析標度對抗原肽的結構進行表征；

c)用遺傳算法-偏最小二乘方法挑選與抗原肽活性密切相關的結構特征；

d)用偏最小二乘法建立抗原肽定量結構-親和性關系分析模型；

e)對抗原肽各位點的性質參數進行方差分析。

2.根據權利要求1的基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于步驟a)具體包括如下步驟：

a1)選取天然氨基酸的變量參數，按照相對負載大小、變量共同度、可解釋性及對序列結構貢獻的重要性進行變量篩選；

a2)用因子分析法處理精選得到的變量，通過斜交旋轉，并用主成分法提取疏水性、α-螺旋與轉角傾向、體積性質、構成特征、局部柔性和靜電性這6個因子；

a3)計算各因子得分，將得分矢量定義為氨基酸廣義信息因子分析標度。

3.根據權利要求2的基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于步驟b)具體包括：用氨基酸廣義信息因子分析標度所涉及的疏水性、α-螺旋與轉角傾向、體積性質、構成特征、局部柔性和靜電性6個因子對抗原肽序列進行表征，其中的每個氨基酸殘基用6個矢量表征，并將表征結果作為定量結構-親和性關系分析模型的自變量。

4.根據權利要求3的基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于步驟c)具體包括如下步驟：用遺傳算法-偏最小二乘方法挑選變量，參數設置如下：初始群體大小：500；最大遺傳代數：200；收斂標準：80％；交叉頻率：50％；變異概率：0.5％；適應度函數為留一法交互檢驗的累計復相關系數。

5.根據權利要求4的基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于步驟d)具體包括如下步驟：將抗原肽的半抑制率IC₅₀值轉換為pIC₅₀，以pIC₅₀值作為定量結構-親和性關系分析模型的因變量，用偏最小二乘建立抗原肽定量結構-親和性關系分析模型，以留一法交互檢驗的累計復相關系數評價模型的預測能力。

6.根據權利要求1至5中任一項的基于氨基酸廣義信息因子分析標度的抗原肽定量結構-親和性關系分析方法，其特征在于步驟e)具體包括如下步驟：將抗原肽按照其親和性大小分為三類，其中低活性：pIC₅₀＜6.301，中活性：7.301＞pIC₅₀＞6.301，高活性：pIC₅₀＞7.301；對抗原肽的各位點的性質參數進行方差齊性檢驗，對屬于方差齊性的，進行費歇爾檢驗，對不屬于方差齊性的，使用布朗-菲奧思近似方差分析；顯著水平為P＝0.05。