[發明專利]物質的生物學、生物化學、生物物理或藥理學特性的預測方法

無效

• 申請號: 200710146073.1
• 申請日: 2007-09-07
• 公開（公告）號: CN101173918A
• 公開（公告）日: 2008-05-07
• 發明（設計）人: 恩德雷·拉茨科
• 申請（專利權）人: F·霍夫曼－拉·羅奇股份有限公司
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48;C12Q1/00
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司
• 代理人: 劉曉東;顧晉偉

技術領域

本發明提供一種預測物質的生物學、生物化學、生物物理或藥理學的特性的方法。具體而言，本發明提供預測物質毒性的方法。

背景技術

在當今的生物學研究中，“組學”技術(例如：代謝組學、毒理基因組學)被廣泛應用于研究與實驗干擾相關聯的分子和生物化學水平的變化。為了能夠對這些干擾相關的變化進行檢測和數值分析(NA)，通常利用各種預處理或編碼程序將初始的“組學”數據轉變為等標度譜。然而，現有技術的編碼程序只應用于特定的實驗設計，并且只應用于一種“組學”技術。如果考慮到當前新的組合應用，則也需要新的適合的編碼程序。與藥物開發相關的“組學”應用涉及兩個重要問題：(i)從應用前景看，對于具有有限的樣本和平行樣本的真實干擾實驗尚沒有優化的編碼，以及(ii)更加普遍的是，需要一種使“組學”譜和其它數據類型能夠組合數字編碼的編碼程序。

發明內容

本發明涉及數據編碼和整合，例如對“組學”譜的數值分析。本發明提供了一種預測物質的生物學、生物化學、生物物理或藥理學特性的方法，例如物質的毒性。所述方法優選包括以下步驟：(a)提供樣本數據；(b)通過編碼樣本數據來對樣本數據定標度(scaling)；(c)將編碼的數據分類；以及(d)提供基于分類結果的預測輸出。

提供樣本數據的步驟優選在將所提供的數據分區段的步驟(a1)之前。

所述數據優選是相對于單位整數(wise?to?unit?integral)的歸一化樣本以便將數據轉換成樣本譜。所述樣本譜是例如核磁共振(NMR)波譜圖，并且該波譜圖優選為NMR波譜數據的形式。

根據本發明的方法，波譜數據優選排列形成矩陣。所述數據優選排列在矩陣中，使得對于給定波譜的所有區段值都位于一行，對于給定區段或波譜區域的所有數值都位于一列。

根據優選的實施方案，該方法還包括以下步驟：在一個或多個與數據矩陣的列向量具有相同長度和順序的輔助列向量中排列一個或多個樣本描述符。所述的一個或多個樣本描述符例如選自包括研究編號、動物編號、取樣時間、劑量組、毒性分類和毒理學變量的組。

在更優選的步驟中，矩陣中缺失的數據值被替換。所述缺失的數據例如由參考值的中值形成。更詳細地，所述缺失的數據由相應取樣時間的相應對照組的中值形成。

編碼數據的步驟(c)優選包括依據給定的規則替換矩陣的所有數值。更優選地，矩陣的數值用指示與參考區域偏離的順序的順序數值所替換。所述替換形成例如n-級順序標度(ordinal?scaling)。更優選地，使用3-級順序標度，且矩陣的數值被替換成0、1或2，其根據所述數值是否低于、等于或高于相應對照組的第x和第y分位數間距(inter-quantile?range)所限定的范圍。在此，x例如是10，y例如是90?；蛘撸褂枚M制標度。

步驟(c)優選包括將單獨的編碼數據劃歸成組。所述組優選與特定化合物的特定劑量給藥水平相對應。在步驟(d)中，得到至少一個組的預測輸出。

所述方法及其優選步驟將不再詳細描述。

數據和毒性分類