[發明專利]染色體構象芯片捕獲(4C)測定

有效

• 申請號: 200680028794.6
• 申請日: 2006-07-03
• 公開（公告）號: CN101238225B
• 公開（公告）日: 2016-11-30
• 發明（設計）人: 沃特·德拉特;弗蘭克·格羅斯維爾德
• 申請（專利權）人: 伊拉茲馬斯大學醫療中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 封新琴;巫肖南

1.分析靶核苷酸序列與一個或多個目的核苷酸序列(如一個或多個基因組基因座)相互作用的頻率的方法，其包括以下步驟：

(a)提供交聯DNA的樣品；

(b)用第一限制性內切酶消化交聯的DNA；

(c)連接交聯的核苷酸序列；

(d)解除交聯；

(e)用第二限制性內切酶消化核苷酸序列；

(f)將核苷酸組成已知的一個或多個DNA序列與在一個或多個目的核苷酸序列側翼的可用的一個或多個第二限制性內切酶消化位點連接；

(g)利用至少兩個寡核苷酸引物擴增一個或多個目的核苷酸序列，其中每個引物與目的核苷酸序列例翼的DNA序列雜交；

(h)將一個或多個被擴增的序列與陣列雜交；并

(i)確定DNA序列間相互作用的頻率。

2.根據權利要求1所述的方法，其中步驟(f)中的連接反應導致DNA環的形成。

3.根據權利要求1或權利要求2所述的方法，其中靶核苷酸序列選自由基因組重排、啟動子、增強子、沉默子、隔離子、基質附著區、基因座控制區、轉錄單位、復制起始點、重組熱點、易位斷點、著絲粒、端粒、基因密集區、基因稀少區、重復元件和(病毒)整合位點組成的組。

4.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中靶核苷酸序列是與疾病相關的或造成疾病的核苷酸序列，或在來自與疾病相關的或造成疾病的基因座的線性DNA模板上占據多至15Mb或大于15Mb。

5.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中靶核苷酸序列選自由AML1，MLL，MYC，BCL，BCR，ABL1，IGH，LYL1，TAL1，TAL2，LMO2，TCRα/δ，TCRβ和HOX或其他與疾病相關的基因座組成的組，所述其他與疾病相關的基因座描述于“Catalogue?of?Unbalanced?ChromosomeAberrations?in?Man”第2版.Albert?Schinzel.柏林：Walter?de?Gruyter，2001.ISBN?3-11-011607-3中。

6.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中第一限制性內切酶是識別6-8bp識別位點的限制性內切酶。

7.根據權利要求6所述的方法，其中第一限制性內切酶選自由BglII、HindIII、EcoRI、BamHI、SpeI、PstI和NdeI組成的組。

8.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中第二限制性內切酶是識別4或5bp核苷酸序列識別位點的限制性內切酶。

9.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中第二限制性內切酶識別位點在靶核苷酸序列中位于與第一限制酶位點相距大于約350bp處。

10.根據前述權利要求之任一項所述的方法，其中將核苷酸序列進行標記。

11.分析靶核苷酸序列與一個或多個核苷酸序列(如一個或多個基因組基因座)相互作用的頻率的方法，其包括以下步驟：

(a)提供交聯DNA的樣品；

(b)用第一限制性內切酶消化交聯的DNA；

(c)連接交聯的核苷酸序列；

(d)解除交聯；

(e)用第二限制性內切酶消化核苷酸序列；

(f)環化核苷酸序列；

(g)擴增與靶核苷酸序列連接的一個或多個核苷酸序列；

(h)任選將擴增的序列與陣列雜交；并

(i)確定DNA序列間相互作用的頻率。

12.環化的核苷酸序列，其包含第一和第二核苷酸序列，其中第一和第二核苷酸序列的每個末端由不同的限制性內切酶識別位點分隔，而且其中所述第一核苷酸序列是靶核苷酸序列并且所述第二核苷酸序列是由交聯基因組DNA而獲得的。

13.制備環化的核苷酸序列的方法，其包括以下步驟：

(a)提供交聯DNA的樣品；

(b)用第一限制性內切酶消化交聯的DNA；

(c)連接交聯的核苷酸序列；

(d)解除交聯；

(e)用第二限制性內切酶消化核苷酸序列；和

(f)環化核苷酸序列。