[發(fā)明專利]基因探針信息注釋方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200610025972.1
• 申請日: 2006-04-24
• 公開（公告）號: CN101063988A
• 公開（公告）日: 2007-10-31
• 發(fā)明（設計）人: 金剛;謝松旻;王超
• 申請（專利權）人: 中國科學院上海生命科學研究院
• 主分類號: G06F19/00
• 分類號: G06F19/00;G06F17/30
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司
• 代理人: 徐迅

1?一種基因探針信息注釋方法，其特征在于，包括：

(1)將制備基因芯片探針文庫的標識信息輸入到數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)；

(2)通過數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)的接口程序來提取所述基因探針標識信息與公共源數(shù)據(jù)庫標識信息的對應關系；

(3)根據(jù)所述的對應關系建立與所述公共源數(shù)據(jù)庫相關的鏈接，并通過所述鏈接直接提取公共源數(shù)據(jù)庫中與所述基因芯片探針相關的具體信息；

(4)解析所述具體信息并將其輸出。

2?根據(jù)權利要求1所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，所述數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)包括NCBI的Entrez、EBI的Ensembl和Uniport數(shù)據(jù)倉庫系統(tǒng)。

3根據(jù)權利要求2所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，所述接口包括Entrez的E-Utilities接口、Ensembl的ensmart接口、以及UniPort的SRS接口。

4根據(jù)權利要求1所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，所述具體信息包括探針對應的基因相關信息、探針對應的基因編碼蛋白相關信息、探針對應的文獻信息、以及有利于芯片結果自動化分析的數(shù)據(jù)。

5根據(jù)權利要求1所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，步驟(1)中制備基因芯片探針文庫的標識信息是登陸號碼、UniGene?Cluster標識符或者LocusLink標識符。

6根據(jù)權利要求1所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，步驟(3)中，所述具體信息整理后以文本格式輸出至文件。

7根據(jù)權利要求1所述的基因探針信息注釋方法，其特征在于，步驟(3)中，所述鏈接為URL鏈接。