[發明專利]基于計算機分析來改良菌株的方法

無效

• 申請號: 200580045430.4
• 申請日: 2005-05-23
• 公開（公告）號: CN101175847A
• 公開（公告）日: 2008-05-07
• 發明（設計）人: 李相燁;金兌勇;李東燁;李尚俊
• 申請（專利權）人: 韓國科學技術院
• 主分類號: C12N1/00
• 分類號: C12N1/00
• 代理公司: 南京經緯專利商標代理有限公司
• 代理人: 樓高潮

1.一種用于改良生產有用物質的菌株的方法，該方法包括以下步驟：

(a)選擇用于生產有用物質的靶菌株和過量生產有用物質的菌株，并構建兩種菌株的代謝流分析模型系統；

(b)篩選存在于生產有用物質的靶菌株中而不存在于過量生產有用物質的菌株中并且對于細胞生長來說是不必要的或者不會造成干擾的基因；

(c)由篩選出的基因構建出要去除的基因組合；

(d)利用步驟(a)中構建的代謝流分析模型系統，通過從上述生產有用物質的靶菌株中去除步驟(c)中構建的各基因組合從而獲得突變菌株，在該突變菌株上進行計算機模擬；

(e)從模擬結果中選出要去除的基因組合，其具有優異的有用物質產量與比生長速率；

(f)構建去除了選擇基因組合的突變菌株。

2.如權利要求1所述的用于改良生產有用物質的菌株的方法，其特征在于，通過繪制產物形成速率和比生長速率之間的平衡曲線并比較突變菌株的比生長速率和有用物質產量來進行計算機模擬。

3.如權利要求1所述的用于改良生產有用物質的菌株的方法，其特征在于，所述生產有用物質的靶菌株為E.coli。

4.如權利要求1所述的用于改良生產有用物質的菌株的方法，其特征在于，所述方法另外包括的步驟為：(g)培養所構建的突變菌株以試驗性地測定該突變菌株的有用物質產量。

5.一種用于改良產琥珀酸菌株的方法，該方法包括如下步驟：

(a)選擇生產琥珀酸的靶菌株和過量產琥珀酸的菌株，并構建兩種菌株的代謝流分析模型系統；

(b)篩選存在于生產琥珀酸的靶菌株中而不存在于過量產琥珀酸的菌株中并且對于細胞生長來說是不必要的或者是不會造成干擾的基因；

(c)由篩選出的基因構建出要去除的基因組合；

(d)利用步驟(a)中構建的代謝流分析模型系統，通過從上述生產琥珀酸的靶菌株中去除步驟(c)中構建的各基因組合從而獲得突變菌株，在該突變菌株上進行計算機模擬；

(e)從模擬結果中選出要去除的基因組合，其具有優異的琥珀酸產量與比生長速率；

(f)構建去除了選擇基因組合的突變菌株。

6.如權利要求5所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，通過繪制琥珀酸形成速率和比生長速率之間的平衡曲線并且比較突變菌株的比生長速率和琥珀酸產量來進行計算機模擬。

7.如權利要求5所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，所述過量生產琥珀酸的菌株為Mannheimia屬。

8.如權利要求7所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，所述過量生產琥珀酸的菌株為Mannheimia?succiniciproducens?MBEL55E(KCTC?0769BP)。

9.如權利要求5所述的一種用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，所述生產琥珀酸的靶菌株為E.coli。

10.如權利要求5所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，在步驟(b)中篩選出的基因選自以下組：ptsG、pykF、pykA、mqo、sdhA、sdhB、sdhC、sdhD、aceB和aceA。

11.如權利要求5所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，在步驟(e)中選出的要去除的基因組合包括ptsG、pykF和pykA。

12.如權利要求5所述的用于改良產琥珀酸菌株的方法，其特征在于，所述方法另外包括的步驟為：(g)培養所構建的突變菌株以試驗性地測定該突變菌株的琥珀酸產量。

13.一種去除了ptsG、pykF和pykA基因的突變菌株，并具有生產高產量的琥珀酸的能力。

14.一種生產琥珀酸的方法，包括在厭氧條件下培養如權利要求13所述的突變菌株。

15.一種E.coli突變體，其去除了ptsG、pykF和pykA基因。

16.一種生產琥珀酸的方法，包括在厭氧條件下培養如權利要求15所述的E.coli突變體。