[發明專利]基于p53狀態與基因表達譜的關聯而用于分類、預后和診斷癌癥的方法、系統和陣列

無效

• 申請號: 200580041881.0
• 申請日: 2005-10-05
• 公開（公告）號: CN101111604A
• 公開（公告）日: 2008-01-23
• 發明（設計）人: L·D·米勒;J·喬治;V·B·維加
• 申請（專利權）人: 新加坡科技研究局
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司
• 代理人: 林曉紅

1.用于預測患者的預后的方法，該方法包括以下步驟：

從腫瘤樣品中獲得多個基因的基因表達譜，其中，所述腫瘤樣品可以是突變體的或野生型的p53基因；

比較所述基因表達譜，確定哪些基因在突變體的或野生型腫瘤中產生不同表達；

從所述不同表達的基因中衍生出一組基因來預測p53突變狀態；以及

使用該組基因來預測患者的預后。

2.權利要求1的方法，其中，預后是選自由疾病特異性存活率、無疾病存活率、腫瘤復發和治療響應組成的組。

3.權利要求1的方法，其中，疾病是乳癌。

4.權利要求1的方法，其中，疾病是肝癌。

5.權利要求1的方法，其中，預測的p53突變狀態是通過排列不同表達的基因而獲得，所述排列根據基因與p53突變狀態、ER狀態和腫瘤組織等級的相關性進行。

6.權利要求5的方法，其中，基因根據多變數排列方法進行排列。

7.權利要求6的方法，其中，多變數排列方法為線性模型擬和。

8.權利要求5的方法，其中，預測的p53突變狀態是通過采用監督學習方法獲得。

9.權利要求8的方法，其中，監督學習方法是對角線性判別分析。

10.權利要求1的方法，其中，該組預測p53突變狀態的基因包含至少3個基因。

11.權利要求10的方法，其中，該組預測p53突變狀態的基因包含3-500個基因。

12.權利要求11的方法，其中，該組預測p53突變狀態的基因包含32個基因。

13.權利要求12的方法，其中，該32個基因選自包含表1中所列出的基因。

14.權利要求13的方法，其中，該32個基因包括具有選自由以下序列組成的組中的序列的基因：SEQ?ID?NO：23，SEQ?ID?NO：22，SEQ?ID?NO：31，SEQ?ID?NO：14，SEQ?ID?NO：11，SEQ?ID?NO：26，SEQ?ID?NO：21，SEQID?NO：30，SEQ?ID?NO：27，SEQ?ID?NO：8，SEQ?ID?NO：2，SEQ?ID?NO：9，SEQ?ID?NO：1，SEQ?ID?NO：29，SEQ?ID?NO：17，SEQ?ID?NO：20，SEQ?IDNO：6，SEQ?ID?NO：18，SEQ?ID?NO：24，SEQ?ID?NO：10，SEQ?ID?NO：13，SEQ?ID?NO：32，SEQ?ID?NO：28，SEQ?ID?NO：5，SEQ?ID?NO：16，SEQ?IDNO：25，SEQ?ID?NO：15，SEQ?ID?NO：7，SEQ?ID?NO：4，SEQ?ID?NO：3，SEQ?ID?NO：12，和SEQ?ID?NO：19

15.用于預測晚期乳癌患者的預后的方法，該方法包括以下步驟：

從腫瘤樣品中獲得多個基因的基因表達譜，其中，所述腫瘤樣品可以是突變體的或野生型的p53基因；

比較所述基因表達譜，確定哪些基因在突變的或野生型腫瘤中產生不同表達；

從所述不同表達的基因中衍生出一組基因來預測p53突變狀態；

以及使用該組基因來預測晚期乳癌患者的預后，其中，編碼該組基因的序列選自由以下序列組成的組：SEQ?ID?NO：22，SEQ?ID?NO：31，SEQID?NO：11，SEQ?ID?NO：9，SEQ?ID?NO：1，SEQ?ID?NO：29，SEQ?ID?NO：28，SEQ?ID?NO：5和SEQ?ID?NO：25。